CircAtlas

莎莎写于2020.5.6
啊呀呀呀呀，昨天没有写简书，半夜还谴责了一下自己的内心，想着明天一定要写了。因为昨天从宾馆返校，两个大行李箱搬到宿舍，还有床单被套要洗，实在是太累了，昨晚12点多就睡着了，奈何对面男生宿舍真的吵死了，刚一睡着就被吵醒，害得我闪神了，睡觉的时候一直在做梦，梦见我一直在跑代码，一直跑一直跑，比体适能测试1000米还要长……早上6点就醒了，被饿醒，吃了点燕麦然后就接着睡觉了，中午和小伙伴一起在食堂吃了午饭，很开心，现在是下午14:50~~我要开始学习啦！

今天其实没什么好学的，一会要做一个周末汇报的PPT，老板说要讲一下自己的实验设计！所以就先介绍一下赵方庆团队新开发的一个数据库，叫：CircAtlas

CircAtlas：来自1070个脊椎动物转录组的100万个高精度circRNA的综合数据库
访问CircAtlas网址：http://circatlas.biols.ac.cn/

标题：CircAtlas: an integrated resource of one million highly accurate circular RNAs from 1070 vertebrate transcriptomes.
杂志：Genome Biol
影响因子：14.028
通讯作者：赵方庆教授（中科院北京生命科学研究院）

• 环状RNA（circRNA）相关表达谱数据已成为转录组学的重要组成部分。近日赵方庆教授团队在genome biology杂志发表了circAtlas数据库的文章。circAtlas数据库基于1070个RNA-seq样本数据（从六个脊椎动物物种的19个正常组织中收集）整合出环状RNA相关信息。该数据库包含1,007,087个高度可靠的circRNA，其中81.3％以上已被组装成全长序列。circAtlas网站全面开放提供了这些circRNA的表达模式，保守性和功能注释等信息，是circRNA研究最重要的在线资源之一。

  
  网站长这样
  功能
• 因为这个网站目前比较新，我还不是太会用，等我会用了我再来补这篇教程。

之前看到赵方庆这个名字我说怎么这么熟悉，后来想起来好几个月前，我老板也给我分享了一篇他们团队发表的一篇文章，影响因子也是十几，不明觉厉😄

对的，就是这篇文献

我记得我当时还仔细研读了一下这篇文献，就算是全文翻译了一下也还是没有看懂。 这是当时发在群里的读后感，哈哈基本都是抄的

我记得当时男朋友给买了新的ipad和ipad pencil，一时觉得新鲜就在上面做笔记，现在看文献做笔记已经不手写了，实在太慢啦。。。后面是文献笔记的部分截图，几个月前的自己还是挺努力的哈哈哈，虽然我现在也很努力!!！💪

image.png

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嗯……回来！接着说circAtlas:

CircAtlas的内容和构建
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图注：circRNA在六个脊椎动物中的表达谱景观和直系同源信息

上面的B图好像可以用R语言复现出来，但目前我还不太会，哈哈~😄

图注：新型定量方法分析circRNA保守性
图注：不同类型circRNA分布特征
图注：circRNA功能注释和网络整合

• 相比于现有的circRNA数据库，circAtlas收集的脊椎动物circRNA信息最全面。不仅物种数量多，且在多个物种的正常样本和个体中检测到circRNA数量更多。在鉴定circRNA过程中，综合运用了CIRI2,DCC,find_circ和CIRCexplorer2等主流算法，显著提高了鉴定circRNA的可靠性。
• 另一方面circAtlas中的样品多样性为不同维度分析circRNA提供了可能性，比如物种或组织间circRNA表达模式研究，circRNA进化保守性分析。circAtlas利用MSC方法全面评估了circRNA的保守性，发现绝大多数circRNA（平均61.7%）只在一种物种检测到，所有物种均保守的circRNA有797个。
• 此外，circAtlas还在整合circRNA调控网络的基础上进行了深入的功能性注释，包括共表达、microRNA和RNA结合蛋白等信息，为circRNA的深入研究提供了重要的数据资源。

好啦~今天时间有限，就先学到这里!❤