取在intron内的sequence

已经取出在intron的序列，并对在intron的序列取了meta序列

问题：1.meta序列似乎比较少

            2.再细致一点

下一步：改igv使得更清晰

3

使用脚本：

seq_in_intron.py

3 5 3 3

仍需排除一些特殊情况：

1.这两个是同一条。

5 4 5

正好错开一位的，也需要拼接。

但突然想到

2

这种并非在3'ss 5'ss 的，可能是intron拼接导致的。或许不该拼接。

3

这样比较对？放大看：

2 3

比较正确。

2.落单的序列

3

5086,400位置不是intron。但有可能是intron的问题，所以，需要把落单的序列取出来重新验证。

3.（横向的两个是一组。）断点不一致，但起止位置一致。好结果

7 3

4.重叠。两个都是10762

4

下一步：去单，去重叠。

                找配对

                把其他文件全跑了

             

正确情况：

2

两个蓝的，start end一致，中间长度不一致。

因此，找到的另一条对应序列应该在intron中间。

问题：1.intron该不该合。

2.跨exon的是否能找到。

思路流程：

取特征序列 > 取在intron的特征序列>取对应部分> 改igv作图观察

目的：得到切实可靠的bpreads

取meta部分：

4

用法：

f=max.sam

fi=onr_pair

for i in fi:

    mate = f.mate(i)

w 3

两条只看一条就行，因为是重复取的，没有去重。

3

结果上看是比较可靠的。

2 2

还是intron拼接太长的问题

3 3 4