检查部门
高企认定主管部门：科技、财政、税务部门，其他相关部门：环保、质量/安监、审计等部门。
检查要点
科技部门
1.技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域；
2.专利权属及专利时效确认；
3.主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％；
4.申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比；
5.申报材料各项指标核对。
财政部门
1.每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查；
2.会计师事务所行业协会自律检查。
税务部门
1.申报材料与税务申报数据是否有冲突；
2.高企认定税收优惠备案检查；
3.研发费用加计扣除备案检查；
4.其他相关税务检查。
环保部门
1.是否存在环评风险；
2.是否存在严重环境违法行为。
质量/安监部门
是否存在重大质量、重大安全事故。
审计部门
1.针对行政公职人员渎职、受贿等违法行为的延伸检查；
2.国有企业自身的定期审计检查。
企业备查资料
（1）知识产权证书；
（2）科技成果转化证明材料；
（3）研发活动证明材料；
（4）研发费用明细账及相关凭证；
（5）高新收入证明材料；
（6）科技人员证明材料；
（7）产学研合作证明材料；
（8）检查部门要求的其他资料。
重点
高新技术企业税收优惠资格有效期为三年，许多企业重视申报，忽视资格维持，从而带来潜在的税务风险。根据《高新技术企业认定管理办法》要求，“科技部、财政部、税务总局应建立随机抽查和重点检查机制，加强对各地高新技术企业认定管理工作的监督检查。”因此，企业不仅要重视认定时资料的准备，更应当注重资格维持，为期满后重新认定及后续可能面临的检查做好充分准备。
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