2020年6月hmm

作者: 纵春水东流 | 来源:发表于2020-06-30 12:51 被阅读0次

隐马尔科夫模型HMM
HMM学习
HMM基础
03-隐马可夫模型（HMM）二
Transformer面试基础：
HMM
HMM
HMM
HMM
HMM

1、材料

隐马尔科夫模型矩阵文件
目标物种所有蛋白质序列
1、从pfam下载模型文件

2、从NCBI下载拟南芥所有蛋白质序列

2、流程

模型文件 ---搜索--->一堆序列---构建模型---->
新模型文件---搜索--->一堆序列【如果无新序列结束，否则重复】

3、

#1用模型搜索
#hmmsearch --cut_tc --domtblout out.txt A.hmm B.pep.all.fa
hmmsearch --cut_tc --domtblout out.txt RRM_DME.hmm GCF_000001735.4_TAIR10.1_protein.faa
#2提取搜索结果中的from to部分序列，构建拟南芥的特异hmm模型
perl scripts/domain_xulie.pl out.txt GCF_000001735.4_TAIR10.1_protein.faa domain_out.fa 1e-20
#3clustalw多序列比对
#4用hmmbuild构建新的模型文件
hmmbuild new_RRM_DME.hmm domain_out.aln

隐马尔科夫模型HMM
直接上链接吧 1.聊聊隐马尔科夫模型（HMM） 2.一文搞懂HMM 3.HMM-python实例
HMM学习
原址：http://www.shokhirev.com/nikolai/abc/alg/hmm/hmm.html慢...
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