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问题 13. 为什么进化树和MEME-motif结果显示不出来?

问题 13. 为什么进化树和MEME-motif结果显示不出来?

作者: 生信石头 | 来源:发表于2020-03-25 17:04 被阅读0次

    问题

    大概描述一下这个问题:


    如图这种问题似乎是常常会有用户遇到。说实话,很多时候我也完全不知道为什么会有这种情况。这先讲解法。

    解决办法

    首先,一起展示不行,那就分开展示啊。

    1. 先单独可视化进化树



      OK,没问题

    2.再单独可视化MEME结果



    OK,也可以正常可视化。

    于是,我们找到原因。

    为什么我们能把两个图自动拼在一起,因为他们有匹配的缺口啊。

    可以看到进化树的ID,如 AtCAD4_BlaBlaBla,但是到MEME的结果里面就只剩下 AtCAD4。

    Sad,问题就太明显了,不是吗?两组数据的ID并不匹配。
    要解决很简单啊,让他们匹配就行了。

    很难吗?!不要试图让任何程序或者软件按照你的想法运行,要尝试按照软件可能的运行逻辑去思考并准备输入文件。

    问题的来源

    OK,给完解药。那么为什么会中毒?!!!
    因为做得太多。完全可以想象得到,

    1. 做MEME的时候,就直接AtCADX就做了
    2. 建进化树的时候,就各种想法,担心拉丁学名记不住,于是都保留物种拉丁学名,然后建树

    最后,要求 TBtools 按照自己的想法来做。TBtools 不是分析服务提供商,真的做不到。
    但是,这些要求啊,欲望啊,TBtools 早就给大家想好了。
    Renaming File 啊,前面的 ID 全部保持一致,最后可视化的时候,增加一个 Renaming File 就可以了,比如


    注意,保留为文本(制表符分隔),然后设置到TBtools

    这不就行了么?。。。

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