Count2Ratio<-function(sam){
df<-(t(table(sam@meta.data[c('orig.ident', 'seurat_clusters')])))
df<-as.data.frame(df)
df<-dcast(df, seurat_clusters~orig.ident)
write.table(df, file='./count.xls', sep='\t', quote=F, row.names=F)
for(col in colnames(df)){
if(col=='seurat_clusters'){
next
}
print(col)
# all_sum = sum(df[col])
# print(df[col])
df[col]<-prop.table(df[col])
}
write.table(df, file='./ratio.xls', sep='\t', quote=F, row.names=F)
}
本文引自【小脚本】统计各个cluster的细胞数和细胞比例
单细胞转录组细胞比例： 关于单细胞比例的计算和作图我们之前出过3期，单细胞比例的展示是很多单细胞文章必不可少的内容...
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型...
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型...
之前做单细胞比例图的时候做过堆叠柱状图，（跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化[http:/...
通常的空间转录组分析是基于降维聚类划分cluster，再进行cluster细胞注释。或者使用反卷积工具与单细胞转录...
在我之前的帖子单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释里面，我已经介绍了如何使用SingleR给单细胞数...
作者，追风少年i 当单细胞基础分析已经完善的时候，摆在眼前首要的问题就是，每个cluster具体是细胞细胞类型？只...
单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞...
本文标题：单细胞分析，统计各个cluster的细胞数和细胞比例
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ctafrktx.html
网友评论