函数和R包
1 函数与参数
（1）形式参数与实际参数
函数格式
（2） 写函数-这个需要下一步学习
三要素：函数名称，形式参数，实际参数
比如累加平方后的和，可以写个函数
sum_of_squre_n <- function(n){
s <- 0 #首先赋值初始值给s
for(i in 1:n){
s <- s + i^2
} #这个循环是将s=0，并且i=1进行先平方，再重新赋值给s后，再进行i+1的迭代，s在这个基础上不停的累加s=0+1^2+2^2+...+n^2
return(s) #这个一定得有，不然R默默计算完后不输出。
}
sum_of_squre_n(6)
函数名称就是sum_of_squre_n
形式参数就是n
实际参数就是5
最后的计算过程就是sum_of_squre_n(5)=0+1+4+9+16+25+36=91
一定要乖乖符合作者设置的规则，不用问为什么是n而不是m，这都是作者规定的；也可以熟了后不用写
小洁老师给的建议是：当一个代码需要 当一个代码需要 当一个代码需要 复制粘贴 复制粘贴 三次 ， 就应该写成 就应该写成 函数 或使用循还
2 R包（R package）
程序包是什么？
R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和实例
有的R包只有数据，没有函数
包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。
为什么要安装程序包？
特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。
例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。
学习R包=找所有R包使用的规律
3 R包来源
（1）CRAN网站
https://cran.r-project.org/web/views/
install.packages("ggplot2")
（2）Bioconductor
BiocManager::install()
（3）github
devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
本地安装-需要引号
devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade = F)
4 R包加载-两种方式，不需要引号
require()
library()
5 R包安装前需要设置镜像
两种方式-下图是界面图像选择；或者是代码设置
选择镜像
清华镜像：
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
中科大镜像：
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
另外一种方法是：代码设置
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ "))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
尽量不要更新
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
#如果没有加载stringr包成功，就安装R包
6 R包如何使用-获取帮助
（1）快速查看函数帮助文档
help("seq")
?seq
(2)找对应R包介绍界面-CRAN/Bioconductor
bing.com搜索界面
（3）少数R包有cheatsheets
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
（4）或者是使用函数，网页版说明书，列出某个包里所有的函数
browseVignettes("clusterProfiler")
R
墨染鸬鹚黑不久，粉刷乌鸦白不坚-感谢Jimmy和小洁
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