R绘制KEGG富集弦图

前面给大家介绍了

☞ GO富集分析弦图怎么看

☞ 【R语言】绘制GO富集分析弦图

☞ 【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

从前面的内容不难看出，不论是用到的R包GOplot还是绘图用到的函数GOChord，似乎都是为展示GO富集分析结果量身定做的。那么问题来了，如果我们也想用弦图来展示KEGG富集分析结果怎么办？

答案很简单，改它~ 改它~ 改它~

就像我们前面讲circleplot一样，也是用的GOplot这个包，函数的名字叫GOCircle，是不是熟悉的味道。我们一样用这个GOCircle函数同时画出了GO和KEGG的circleplot。

☞ circleplot展示GO富集分析结果

☞ 【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码

☞ 【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果

同样的道理，我们只需要稍微修改一下GOChord这个函数，并且组织一下KEGG富集分析的结果，让他能够满足这个函数的要求，就大功告成了。

我们可以看到GO富集弦图的图注的标题是GO Terms，我们要将其修改成KEGG pathways。让后弦图中每一个色块从代表一个GO条目变成代表一个KEGG通路。

在☞【R语言】绘制GO富集分析弦图中我们提到，绘制GO富集弦图需要准备四部分的数据。同样绘制KEGG富集分析弦图也需要准备相应的四部分的数据。

1. KEGG富集分析的结果

可以参考往期内容获取GO富集分析结果

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

2. 差异表达分析结果

TCGA数据差异表达分析可以参考

☞ R代码TCGA差异表达分析

☞ 零代码TCGA差异表达分析

GEO中数据差异表达分析可以参考

☞ 零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞ GEO芯片数据差异表达分析

3. 需要展示的基因名字可以直接从差异表达分析结果中根据p.adj和logFC来进行挑选，当然也可以根据自己的兴趣来挑选。

4.需要展示的KEGG通路名字

可以从KEGG富集分析结果中，根据FDR来挑选，当然也可以根据自己的需求来挑选。

最终我们可以得到下面这张KEGG富集分析的弦图

完整绘图代码+详细注释见下文

R绘制KEGG富集弦图