生信

1.linux操作系统

（1）应用场景：supercomputer 服务器

（2）权限控制

（3）命令行模式：区别于windows的图形界面，linux的操作靠命令行来实现

（4）目录结构：目录相当于windows的文件夹，linux系统没有C/D/E/F盘，文件系统呈树状。由于用户不唯一，像类似“我的电脑”这种级别的文件，用户是无法访问的，每个用户能到达的最高级目录“宿主目录”，即用户登录时所在的目录，宿主目录放在home目录下。（？？？）

2.为什么学生信的都要用linux？

(1) 系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源;命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。

(2)当你需要跑几十、几百G数据的时候，用windows，电脑立刻就挂了。

3.怎样实现零成本召唤linux？这是一个原生运行在 windows10 上的子系统

（1）设置-更新和安全-针对开发人员-启用开发人员模式

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（2）设置-更新和安全-针对开发人员-启用开发人员模式

（3）重启

(4)下载高大上的工具ubuntu。microsoft store里有

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(5) 启动ubuntu 和用户设置

窗口显示正在安装-安装成功，设置用户名和密码，相当于注册，这里输入密码是没有任何提示的，一次性打完不要怀疑键盘坏了。

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（6）更新：输入　sudo apt update

完成后输入 sudo apt upgrade

sudo 代表管理员，apt相当于install（安装），下载和安装了更新，就可以投入使用啦

（7）注意：这个linux界面仅能用于学习linux基本操作，想要实战处理数据跑程序的话你的电脑配置不够，需要用到服务器。如果你所在单位有服务器，可以直接申请账号。如果没有可以去阿里云官网看看。远程登录服务器需要下载一个免安装软件putty，需要ip地址和用户名就可以登录了。

云服务器上的linux

1.登录：ssh 用户名@ip地址，例如ssh bio03@120.110.xxx

软件下载：百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1upnRTXwkI0hvxuuA2Gm49w 提取码: cnrv

2.linus高频操纵命令

(1) pwd : print working directory 显示当前路径

/home/doudou就是我的当前路径[图片上传失败...(image-f0db7-1614134616280)]

(2) mkdir ：make directory-- 创建你的空目录

后面是注释，就是解释代码的文字。

mkdir biosoft #存放生信软件 mkdir project #存放生信项目 mkdir tmp #存放一些杂七杂八 mkdir src #存放源代码

(3)ls 显示列表，不管是目录还是文件，都能显示[图片上传失败...(image-a57e55-1614134616280)]

(4)删除：删除的操作对象分为三类：普通文件、空目录、有内容的目录。他们的对应的命令是略有不同的。

1）删除文件--rm

2）删除空目录--rmdir

3）删除非空目录--rm -r

4)注意：

1.这三个命令后面都要跟上你要删除的目录名。

2.rm-rf

-r 递归，多级目录一并删除

-f 强制删除，不用任何提示

所以如果rm -rf后面不加目录名，就死定了，删除你服务器的所有东西。

(5) cd

1)cd接一个目录名，表示进入该目录

2) cd -返回刚才的目录

3）主目录（家目录）：直接cd ，效果与cd ~ 一致

(6)vi 新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器）

<pre spellcheck="false" class="md-fences md-end-block ty-contain-cm modeLoaded" lang="shell" cid="n121" mdtype="fences" style="box-sizing: border-box; overflow: visible; font-family: var(--monospace); font-size: 0.9em; display: block; break-inside: avoid; text-align: left; white-space: normal; background-image: inherit; background-position: inherit; background-size: inherit; background-repeat: inherit; background-attachment: inherit; background-origin: inherit; background-clip: inherit; background-color: rgb(248, 248, 248); position: relative !important; border: 1px solid rgb(231, 234, 237); border-radius: 3px; padding: 8px 4px 6px; margin-bottom: 15px; margin-top: 15px; width: inherit; color: rgb(51, 51, 51); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;">cd tmp
vi hello_world.txt

先保证电脑切换到了英文输入法，然后敲i键，就可以输入了

写下你的感悟～几行简短的英文

按Esc键 #退出编辑模式

:x #在左下角输入，意思是保存并退出</pre>

(7)cat接文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。要退出cat，是摁一下q。否则下面的命令都没办法运行

1.head 默认输出前10行，tail默认输出后10行，后面加上-n 自定义输出几行

2.例如：head -n 3 hello_world.txt 【注意-n与head之间有空格，-n和3之间空格可有可无】

（8）cp：复制文件

1.使用：cp file1 file2：就是复制file1，命名为file2的意思。

（9）mv 将文件移入文件夹，或者重命名

1.使用：mv file 路径是移动file到某路径下

2.使用：mv file1 file2是将file1重命名为file2

3.linus学习资源

1.马哥linux教程全套视频，在bilibili可以直接找到

2.linus命令大全http://man.linuxde.net