最简单的安装repeatmodeler2+repeatmaske

repeatmodeler升级成2代以后，据软件作者说功能强了不少。所以赶紧装一个试用一下，发现现在conda安装的版本也没什么错误了，开心。闲话少说,直接用conda开始安装

conda create -n repeatmodeler2 -c bioconda repeatmodeler=2.0.1
#经过漫长的等待,终于安装成功.如果报错,建议查看一下conda的攻略,改一下镜像.这个会自动把依赖的RepeatMasker也一起安装了,很方便.
#由于与python3.9不兼容,所以必须新建一个conda环境给它.以后每次使用记得激活这个环境,命令如下:
conda activate repeatmodeler2

安装完还不能用,因为还没有给repeatmasker装上Repbase数据库.
从Repbase下载最新的数据库(需注册) 假设路径如下:
/home/data/RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
那就粘贴到repeatmasker所在路径下的Libraries

cd /home/data/
#解压
tar -zxvf RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
#发现解压后是一个Libraries的文件夹,把里面的两个文件拷贝到RepeatMasker的Libraries文件夹里
cd ~/miniconda3/envs/repeatmodeler2/share/RepeatMasker/Libraries
cp /home/data/Libraries/* .

cd ..
#查看INSTALL文件,根据里面描述安装
less INSTALL

perl ./configure
#里面有一个选项:
Add a Search Engine:
   1. Crossmatch: [ Un-configured ]
   2. RMBlast: [ Un-configured ]
   3. HMMER3.1 & DFAM: [ Un-configured ]
   4. ABBlast: [ Un-configured ]

   5. Done


Enter Selection:
#这里输入2,选RMBlast,然后输入5
然后显示
The program is installed with a the following repeat libraries:
  Dfam database version Dfam_3.1
  RepeatMasker Combined Database: Dfam_3.1, RepBase-20181026
#安装成功

输入RepeatModeler,正常显示,可是当使用-LTRStruct时,发现Ninja这个软件报错,自己重新安装一下RepeatModeler指定的0.95版本的[Ninja]
(https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/releases/tag/0.95-cluster_only).
在使用RepeatModeler的时候用-ninja_dir参数指定Ninja安装路径就可以了.