自由贸易区有两种含义：
一是指一国在其本土内划定的置于海关辖区之外、以贸易为主要内容的特殊区域，即国内自由贸易区。外国货物一般可以贸易免征关税，并且允许在区内自由储存、取样、分级、装卸、加工、重新包装、贴标签等。外国货物若要进入东道国海关管辖区域，则必须按规定办理进口手续，交纳关税。外国商人必须严格遵守东道国的法律。从历史看，这种自由贸易区与自由港有密切联系，一些自由贸易区就是由自由港发展而成的，如德国的汉堡、不来梅。
二是指由签订了自由贸易协定的国家组成的贸易区，即国家之间的自由贸易区。是指一种跨国界的多国经济区域，是区域经济一体化组织的一种形式，旨在通过免除区域内成员国关税及非关税限制，消除成员国间经贸差别待遇，扩大该区域成员国互相贸易和投资。但是每个成员国对其他非成员国保留了原有的独立的关税和非关税壁垒。例如：东盟自由贸易区、中国-东盟自由贸易区就属于这类自由贸易区。20世纪90年代以后，以自由贸易区为目标的区域性协定不断涌现。目前，全球已有240个自由贸易协定，在世界贸易组织的成员中形成了135个自由贸易区。
保税区定义：
保税区是海关监管的特定区域，设立保税区须经国务院批准。保税区与中华人民共和国境内的其他地区之间应当设置符合海关监管要求的隔离设施。
一、保税区的特殊政策
1、关税政策
从境外进入保税区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、法规另有规定外，按照下列规定办理：
①区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和其他基建物资，予以免税；
②区内企业自用的生产、管理设备和自用合理数量的办公用品及其所需的维修零配件、生产用燃料，建设生产厂房、仓储设施所需的物资、设备，予以免税；
③保税区行政管理机构自用合理数量的管理设备和办公用品及其所需的维修零配件，予以免税；
④区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物件、予以保税。
2、手续从简
保税区与境外之间进出口的货物，由货物的收、发货人或其代理人向海关备案。对上述货物除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理。
二、对保税区进出货物的监管
1、对保税区与非保税区之间进出货物的监管
①从保税区进入非保税区的货物，按照进口货物办理手续；从非保税区进入保税区的货物，按照出口货物办理手续，出口退税按照国家有关规定办理。
海关对保税区与非保税区之间进出的货物，按照国家有关进出口管理的规定实施监管。
②从非保税区进入保税区供区内使用的机器、设备、基建物资和物品，使用单位应当向海关提供上述货物或者物品的清单，经海关查验后放行。
前款货物或者物品，已经缴纳进口关税和进口环节税收的，已纳税款不予退还。
③保税区的货物需从非保税区口岸进出口或者保税区内的货物运往另一保税区的，应当事先向海关提出书面申请，经海关批准后，按照海关转关运输及有关规定输。
2、对区内货物的监管
①保税区内的货物可以在区内企业之间转让、转移；双方当事人应当就转让、转移事项向海关备案。
②保税区内的转口货物可以在区内仓库或者区内其他场所进行分级、挑选、刷巾标志、改换包装形式等简单加工。
③区内企业在保税区内举办境外商品和非保税区商品的展示活动，展示的商品应当接受海关监管。
3、对区内加工贸易货物的管理
①区内加工企业应当向海关办理所需料、件进出保税区备案手续。
②区内加工企业生产属于补动配额管理的出口产品，应当事先经国务院有关主管部门批准。
③区内加工企业加工的制成品及其在加工过程中产生的边角余料运往境外时，应当按照国家有关规定向海关办理手续；除法律、行政法规另有规定外，免征出口关税。
区内加工企业将区内加工的制成品、副次品或者在加工过程中产生的边角余料运往非保税区时，应当按照国家有关规定向海关办理进口报关手续，并贪污纳税。
④区内加工企业全部用境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关按照进口制成品征税。
用含有境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关对其制成品按照所含境外运入料、件征税；对所含境外运入料、件的品名、数量、价值申报不实的，海关按照进口制成品征税。
⑤区内加工企业委托非保税区企业或者接受非保税区企业委托进行加工业务，应当事先经海关批准，并符合下列条件：
（1）在区内拥有生产场所，并已经正式开展加工业务；
（2）委托非保税区企业的加工业务，主要工序应当在区内进行；
（3）委托非保税区企业加工业务的期限为6个月；有特殊情况需要延长期限的，应当向海关申请展期，展期期限为6个月。在非保税区加工完毕的产品应当运回保税区；需要从非保税区直接出口的，应当向海关办理核销手续；
（4）接受非保税区企业委托加工的，由区内加工企业向海关办理委托加工料、件的备案手续，委托加工的料、件及产品应当与区内企业的料、件及产品分别建立帐册并分别使用。加工完毕的产品应当运回非保税区企业，并由区内加工企业向海关销案。
⑥海关对区内加工企业进料加工、来料加工业务，不实行加工贸易银行保证金台帐制度。
委托非保税区企业进行加工业务的，由非保税区企业向当地海关办理合同登记备案手续，并实行加工贸易银行保证金台帐制度。
4、对进出保税区运输工具和个人携带物品的监管
①运输工具和人员进出保税区，应当经由海关指定的专用通道，并接受海关检查。
②进出保税区的运输工具的负责人，应当持保税区主管机关批准的证件连同运输工具的名称、数量、牌照号码及驾驶员姓名等清单，向海关办理登记备案手续。
③未经海关批准，从保税区到非保税区的运输工具和人员得运输、携带保税区内的免税货物、物品、保税货物以及用保税料、件生产的产品。
三、对保税区进出境货物的限制
1、除国家指定的汽车进口口岸的保税区（天津、大连、上海、广州、福田）外，其他保税区均不允许运进转口方式的进口汽车。对保税区内企业自用的汽车，也应由指定的口岸办理进口手续。
2、进出口第三商品，如受被子动配额许可证管理的纺织品，可生产化学武器的化学品、化学武器关键前体、化学武器原料、易制毒化学品，一律凭主管部门的许可证验放。区内企业进口激光光盘生产设备，凭进口许可证验放。
3、区内设立以进口国家限制进口的可用作原料的废物进行加工、拆解等业务的企业时，包括国家限制过境的废物，要经主管部门批准，不允许区内企业以转口货物为名，将国家限制进口的可用作原料的废物存放于区内仓储）
总而言之保税区其实是自由贸易区的一种。
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