电影主题：爱，跨越空间和时间的救赎之爱。
电影的key：充满爱、保护、羁绊的结绳贯穿始终。
结绳的魔力是通过奶奶说出来：“结，连接绳线的是结，连接人与人是结，时间的流动也是结，全都是神的力量，我们的结绳也是神的作品，正是时间流动的体现，聚在一起，成型、扭曲、缠绕、有时又还原、断裂、再次连接、这就是结，这就是时间。”
宫水神社的女主三叶死亡前有一段时间经常和三年后的男主泷交换灵魂，据说作为宫水神社的继承人，睡觉后会发生和别人交换灵魂的情况。但每次交换灵魂所干事情，本体恢复后时常不记得。
经历了多次的灵魂交换后，男女双方对对方都有了感觉，只是对方还不清楚这种感觉。
就这样过了一段时间，泷的灵魂进入三年前的三叶体内，使用三叶的身体，和妹妹、奶奶一起来到了隐世 ——“那个世界”，奶奶说：要回到这个世界，必须用你最重要的东西交换，那就是口嚼酒。口嚼酒里寄存着三叶的半身。
而三叶却阴差阳错地促成了泷和奥寺学姐的约会，但因为泷已心有所属，约会途中时常漫不经心，学姐知道他已经有了喜欢的人了。此时，三叶对着镜子不自觉地落下了眼泪。
三叶为了确认自己的感觉，独自一人去了东京。车站上，三叶遇到了泷，此时的泷还不认识三叶，离别时，泷问了三叶的名字，而三叶则将灵魂信物结绳交给了泷。这个结绳成了三叶和泷之间的羁绊。
失恋的三叶回到家后，请求奶奶把自己的头发剪掉，和两位好友一起参加祭典，散步途中，三叶亲眼见到彗星分裂，之后，分裂的彗星碎片落到三叶所在的城镇发生大爆炸，整个城镇一瞬间被毁灭，镇上的500多户全部遇难，包括三叶。
那次事件之后，泷再也没有和三叶发生灵魂交换，泷根据记忆、材料画出了当时在三叶身上经历的地点，并和两位好友踏上了寻找三叶的道路。一无所获的寻找之后，在一家拉面店找到了线索，泷所找的糸守镇就是三年前发生彗星爆炸被毁灭的城镇。
泷来到了三叶所在的城镇，发现这个地方已经被彗星所毁灭，这时泷手机上有关三叶的数据全部消失了，泷他们回资料所查找资料时，在遇难者名单上看到了宫水三叶。
学姐聊到泷手上的绳结，泷说：“绳就是时间流动的体现，扭曲、缠绕、还原、连接，这就是时间”。他由此想到，如果去“那个世界”，可能会再一次与三叶相遇。
“聚在一起、成型、扭曲、缠绕、有时又还原、再次连接，这就是结，这就是时间”。泷来到了隐世，喝下了当初他供奉给神的口嚼酒，神的力量将泷和三叶的半身联系在一起，泷由此了解了三叶的过去，知道了三叶曾经到过东京和他见过面。
泷想要拯救三叶的强烈意志以及绳结的力量，让泷和三叶的灵魂再一次发生了交换。时间回到了三年前彗星降落前的那天清晨，泷（使用三叶的身体）很庆幸回来了，他决定拯救这个城镇。拯救计划：勅使负责炸弹电力系统，泷负责说服三叶的镇长父亲做好避难工作，早耶香负责播放避难通知。
泷没有说服三叶的父亲，他觉得如果是三叶可能有办法。回来的途中泷想到如果这时候去隐世可能会见到三叶，就独自骑着脚踏车前往。而在隐世醒来的三叶，走到边界发现自己的城镇已经被毁灭，意识到自己可能也已经死了。
泷去隐世的途中想起了当初三叶来东京找他的场景。到了隐世，神的力量，结绳的力量，两人的强烈意志，让时间发生了错乱，他们在隐世意识到对方的存在，听到了对方的声音，黄昏时刻，时间彻底错乱，两人终于见面了。
此时，他们的灵魂返回到各自的身体。泷把结绳交还给三叶，告诉她要拯救这个城镇。黄昏时刻结束，泷与三叶的见面时间结束，泷也渐渐忘记了三叶的名字。另一方面，结的力量成了三叶前进的动力，三叶最终说服了他的父亲，以避难演戏的名义让城镇的500多户全部撤离了遇难地点，没有任何人伤亡，包括三叶。
历史被改写了。
那之后过了5年，这时的泷即将踏进职场，虽然面试暂时不尽如人意。这5年间，泷一直很在意糸守的彗星事件，虽然他也不知道为什么自己那么在意这个事。他觉得，这5年间，自己好像一直在寻找着什么，寻找着谁。
桥上，两人无意识地擦肩而过。
列车的一次偶然擦肩，让他们发现了彼此。两人都在下一站下车，拼命往回走。这一次，他们见面了。泷的转身终于弥补了秒速五厘米的遗憾。
绳结的力量让他们找到了对方，并紧紧联系在一起。
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