火出圈的ChatGPT怎么“理解”空间生物学？

作者: 生物芯时空 | 来源:发表于2023-02-28 10:05 被阅读0次

最近街头巷尾都在热议“聊天机器人”ChatGPT，有人让它写诗，有人让它改代码，还有人让它写市场调研文章。。。

不知道ChatGPT怎么“理解”同样走在科学前沿的空间生物学呢？“无所不知”的ChatGPT怎样帮助我们的科学研究呢？来问问它。

我们再了解下人类科学家的见解吧。题为“Spatial transcriptomics coming of age”的文章2019年发表于Nature reviews Genetics，文章基于总结了当前一些空间转录组学研究方法及主要研究发现，并认为空间转录组学技术应用于各种不同类型组织研究时，有很大潜力提供全面系统的分子图谱，并为单细胞分辨率下进行转录本深入解析提供新思路。

Nature Methods 2020年度技术：spatially resolved transcriptomics（空间转录组学）讲到bulk RNA测序就像冰沙，得到的是组织匀浆后的所有细胞平均的基因表达信息；单细胞RNA测序可以对每个细胞的转录组进行更精细的评估，进行细胞类型定义。但是因为单细胞RNA测序需要把单细胞从组织中解离，每个细胞的组织位置信息丢失了。Hongkui Zeng表示单细胞RNA测序更像是在吃水果沙拉，而不是冰沙。现在，利用空间分辨的转录组学方法，科学家即可以获得转录组学数据，又能了解这些细胞在组织中的位置信息。空间位置信息对于理解细胞生物学，发育生物学，神经生物学，肿瘤生物学等的关键信息至关重要，因为特定的细胞类型及其特定组织与生物学活性至关重要，而且目前在整个组织和器官水平上仍然属于空白。

题为“Museum of spatial transcriptomics“的文章2022年发表于Nature Methods，文章认为许多生物系统的功能，如胚胎、肝小叶、肠绒毛和肿瘤取决于其细胞的空间组织。并总结、讨论了多种空间转录组技术，阐述了空间转录组技术的领域应用趋势，展望了该技术未来的发展方向，也指出面临的一些挑战。

2022年Nature Reviews Genetics上发表的一篇题为“The emerging landscape of spatial profiling technologies”的综述文章总结了空间基因组、转录组和蛋白质组的多种方法。文章还描述细胞内大量不同分子及细胞中组织中的位置是细胞和组织功能的重要决定因素，bulk和单细胞测序技术提供了检测分子表达差异的能力。最近，单细胞测序技术在很大程度上表征了从样本中解离的游离细胞，当然细胞内分子和细胞的空间背景丧失，这对许多生物学问题至关重要。空间生物学技术为这一挑战提供了解决方案，提供了基因组尺度的组学测量，同时保留了空间背景。令人兴奋的是，这些快速发展的新方法可能会补充，甚至可能超过由分离单细胞方法推动的巨大进步。

同年在Signal Transduction and Targeted Therapy上发表的一篇综述“Clinical and translational values of spatial transcriptomics”介绍了空间转录组技术在神经科学、胚胎发育、病理学和炎症性疾病中的应用进展，以及在提出临床前空间转录组图谱如何更有效地指导临床，构建和绘制空间图谱的综合分析还需要进一步标准化、自动化等。

ChatGPT的总结还是比较客观的哦。很多专家认为ChatGPT是一个革命性的突破，空间生物学技术在生物学研究中也是被科学家认为具有突破性的作用和价值。我们非常愿意在利用空间生物学技术推动科研发展上与您携手。

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