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best reciprocal hit

best reciprocal hit

作者: Redshape | 来源:发表于2017-10-27 13:48 被阅读0次

    做两个物种的ortholog

    找两个物种的进化关系,如果距离远的话就把e值放大一些(根据文献)

    BLAST

    所谓BLAST既是:basic local alignment search tool 局部序列比对基本检索工具。

    在NCBI上分为多种,常用的有N-BLAST(核苷酸序列比对检索)和P-BLAST(蛋白比对检索)。此外还有primer Blast等。

    BLAST的作用顾名思义,就是用于各种核苷酸序列,蛋白质序列等在数据库内与已知数据的比对检索,可以找出相似的序列,用于蛋白质和核酸等的功能结构预测分析

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