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Seurat-t_SEN图像优化

Seurat-t_SEN图像优化

作者: 倪桦 | 来源:发表于2023-07-18 10:07 被阅读0次

    1、Seurat RunTSNE 参数设置

    pacman::p_load(Seurat,SeuratData,dplyr,ggplot2)
    data("pbmc3k")
    
    cur_seu <- pbmc3k %>% SCTransform() %>% RunPCA() %>% FindNeighbors(dims = 1:25) %>% FindClusters(resolution = 0.3)
    cur_seu <- cur_seu %>% RunTSNE(dims = 1:25,
                                   perplexity = 40,     ### 参数值越大使得相同簇的空间分布更紧凑,有利于还原全局结构
                                   exaggeration = 0.1)  ### 参数值越小使得全局分布更松散,视觉上更圆
    DimPlot(cur_seu,reduction = 'tsne')
    

    Reference

    Parameter guide — openTSNE 1.0.0 documentation

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