选择压对观察到的同义和非同义突变频率的影响

发生在一个物种中的突变，是被保留成物种基因库中普通的一个突变，还是很快地被丢失掉？突变的命运将依赖于当时物种的选择压，以及该突变是否能显著地改变物种的适应性。

中性进化理论表明，绝大多数的突变实际上都不会遭受强的选择。
同义突变没有改变蛋白质的构象和功能，将不影响物种的适应性，因此不受自然选择的影响（忽略密码子偏好性），不被选择或反对。
非同义突变会造成氨基酸变化，可能改变蛋白质，因此会造成适应性变化，从而带来自然选择的优势或劣势（一般是劣势？）
我们人类喜欢吃甜食的基因是受到了正向选择吧，哈哈哈。

1. 如果蛋白质的非同义突变更多，则选择压力下突变可能被保留。因此，中性进化中观察到的非同义突变比期望的多，暗示着基因受正选择。
2. 如果突变减少了蛋白质的适应能力，在选择压力下他可能被丢掉。负选择将导致比期望值更少的非同义突变，表明突变被强烈地反对，序列会保守。
   为了决定2条序列进化中是否发生了正选择，必须用统计检验判断dN（非同义突变）是否显著高于dS（同义突变）

• Ka＞＞Ks，基因受正向选择positive selection，若差异特别大说明基因受强烈正向选择，是近期正在快速进化的基因。
• Ka=Ks，基因中性进化neutral evolution
• Ka＜＜Ks，基因受纯化选择purify selection
  假基因的Ka/Ks通常比功能基因的高。