很多人认为曾国藩镇压了代表进步力量的太平天国运动，是不可饶恕的罪恶。但是也有一些不同角度的分析和判断。
蒋廷黻在《中国近代史大纲》中说：洪秀全想打倒满清，恢复汉族的自由，这当然是我们应该佩服的……但是他的人格上及才能上的缺点很多而且很大。倘若他成了功，他也不能为我民族造福。总而言之，太平天国的失败，证明我国旧式的民间运动是不能救国救民族的。
太平天国的最大问题是要毁灭全部中国文化。钱穆认为，太平天国如果只致力推翻清王朝，是可能成功的。但是他们还要全部推翻中国历史文化，就不可能成功了。他说：洪杨集团……到处焚毁孔庙，孔子的书被称为妖书，他们想把民族传统文化完全推翻……哪里有全不读书，把自己国家以往历史传统全部推翻，只抄袭一些外洋宗教粗迹，天父天兄，一派胡言，便能成了事？我们不必纵论其他之一切，单看他们那些国名官名，就知其必然会失败。若太平天国成功了，便是全部中国历史失败了。当时的洪杨，并不是推不翻满清，但他们同时又要推翻中国全部历史，所以他们只可有失败。
除了文化理念外，太平天国的地方治理能力远低于清政权。在长达十多年的革命过程中，太平天国始终没有建立起正规的地方财政体系，物资供应一直靠抢劫或者“包租”。在太平天国后期，对新占领的地区，他们通常先是大抢三日：“关于太平军的军饷问题。作为一条业已确立的规定，叛军士兵不领饷银；他们像海盗一样靠劫掠为生。……可能是作为一种补偿和对作战英勇的一种奖赏，似乎在业已占领而当地居民未及逃脱的城市，太平军士兵被给予整整三天的时间去做他们想做的任何事情—施展一切暴行，在光天化日之下做出一切令人憎恶的事。”
抢过之后，太平军才开始在地方上建立“包租制度”。他们在地方上选择旧衙役、旧绅士或者地痞流氓来作为代理人，需要什么东西，就向他们下命令：然后，附近地区被迫向叛军捐献供给物资（几乎所有的事例都是如此）。例如，宁波周围的农村被迫按照配额，交纳大米、猪、家禽、蔬菜和农产品之类的食物来供养军队。我曾经亲眼看见被迫运送这些供给物的农民将食物等东西运到城里，他们的脖子上套有铁链和绳索作为服役的标志……
包租制肯定会产生严重后果。这些敢于替太平天国包租的人都是铤而走险的大胆之徒，而太平军对他们又没有什么监督考核机制。所以他们的贪婪残忍，过清政权的征收者十倍百倍。上面要求收一百两，到他们这儿，就可能变成二百两、三百两甚至一千两：“其收漕也，仍用故衙门吏胥，仍贪酷旧规，以零尖、插替浮收三石、四石不等。百姓大怨。”
这些包租者的后盾是太平军的武器。“到太平天国后期，太平天国地方政权从允许地主收租，到保护地主收租，甚至派兵镇压农民抗租。”所以他们对抗租者异常残忍。嘉兴盛泽设的筹饷总局，连人们使用“洋钱”都要上税。一洋要交七十文。“有某生偶有一洋未用印，锁至公估庄内，打折胫骨。”
定都天京后，太平天国官僚队伍迅速膨胀，官员们大肆追求物质享受，所以虽然洪秀全声明“轻徭薄赋”，但摊派下来的任务远远超过老百姓的负担能力。再加上“包租者”的层层加码，趁机搜刮，老百姓的生存状况，远不如清政府的治下。
冯友兰在1999年人民出版社出版的《中国哲学史新编》序言中说：中国所需要向西方学习的是西方的长处，并不是西方的缺点。洪秀全和太平天国所要学习而搬到中国来的是西方中世纪的神权政治，那正是西方的缺点。西方的近代化正是和这个缺点的斗争而生长出来的。中国所需要的是西方的现代化，并不是西方中世纪的神权政治。洪秀全和太平天国如果统一了中国，那就要使中国倒退几个世纪，这是我对洪秀全和太平天国的评价。这个评价把洪秀全和太平天国贬低了，其自然的结果就是把太平天国的对立面曾国藩抬高了。曾国藩是不是把中国推向前进是可以讨论的，但他确实阻止了中国的倒退。这就是一个贡献。……阻止中国的中世纪化，这是曾国藩的大功。
美国学者何炳棣称太平天国战争是“世界史上规模最大的内战”。太平天国战争的主要战场正是中国人口最为稠密的长江中下游地区的湖北、江西、安徽、江苏、浙江五省。葛剑雄先生等人口史专家的研究认为，在太平天国战争中这五个省人口损失数至少达8700万人（包括了直接死于战争的人口和出生率下降导致的人口减少）。如果再考虑到太平天国战争的其他战场湖南、广西、福建、四川等省的人口损失，那么太平天国战争给中国带来的人口损失在一亿以上。
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