2019-05-05 linux笔记整理

cd - # 后退之前的目录
cd .. # 回到上级目录
cp -R #复制目录及目录内所有项目
mv -f #移动文件，若文件已经存在，直接覆盖
      -i #移动文件，若文件已经存在，询问用户是否覆盖
paste - - #默认分隔符为\t，若要指定用 -d 将两行变为两列
paste fq1 fq2 >fqconfig.txt #按列合并文件    
cut -f 3-5 #取出文件第3-5行
     -d #指定分割符
grep -v “^#”  #删除文件中开头为#的行
       -o  #输出匹配到的部分
        -w #完全匹配
       -c  #计数
sort -n -k 2 -t : facebook.txt #指定分隔符为：，将文件第二列进行排序
      -u #去重，相当于 sort |uniq 
uniq -c #显示重复出现的次数
echo $PATH | tr ":" "\n" |less -S  #将：分割内容，分行显示
find 目录 -name "关键词" #查找含有关键词的文件
find 目录 -size +500 #找出文件大于500
sed s/:/ \t / g #文件中所有分隔符： 改为\t
ps -ef | grep username #查看任务进程
mkdir -p #建立多级目录
less -S reads_1.fq|paste - - - -|cut -f1,2|tr "\t" "\n"|tr "@" ">" >read_1.fa  #将fastq转化为fasta

vim使用方式：

• 编辑并保存文本: vim t1 进入文本查看模式（不能输入内容）--输入i ，文本下方出现insert 进入编辑模式---英文状态下，依次 esc--：--wq 即可保存文件

• 文本查看模式：dd 删除鼠标所在行
  p 复制鼠标所在行
  /g 向下查找文本中g
  ？g 向上查找文本中g
  ：set nu 显示行数
  set nonuber 行数变无
  相关资料参考：

• 通配符：https://www.jianshu.com/p/b7f8c97b2ba6

• grep :https://www.jianshu.com/p/22a4324ddfdf

• sed:https://www.jianshu.com/p/1a853a0315d5

• awk:https://www.jianshu.com/p/b6aec932adcf

• 生信技能树相关培训（崔青美老师ppt）

最后，本篇简书内容总结潦草，有需请自己谷歌查阅