「生信Debug」OpenBLAS blas_thread_in

BLAS（Basic Linear Algebra Subprograms），翻译为基础线性代数子程序库，里面拥有大量已经编写好的关于线性代数运算的程序。OpenBLAS是其中一个实现了相关运算的开源程序库，其他软件在开发的时候就不需要额外造轮子，直接调用相关的API即可。

之前在使用OrthoFinder遇到了类似的问题，见https://github.com/davidemms/OrthoFinder/issues/68，最近在使用SMC++的时候也因为一样的问题报错

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable
OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 1024 current, 2583728 max
OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable
OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 1024 current, 2583728 max
OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable
OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 1024 current, 2583728 max
OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable
OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 1024 current, 2583728 max

解决方法很简单，在运行代码之前设置一个环境变量

export OPENBLAS_NUM_THREADS=1

问题的本质是，如果你的Python Numpy使用OpenBLAS进行数值运算，那么他可能创建过多的线程，超过了系统的限制，因此将其限制为1即可。