1.环境变量及设置方法
什么是环境变量？简单说，就是指定一个目录，运行软件时，相关的程序将会按照该目录寻找该程序相关文件。
ubuntu系统（我的版本为18.04.1 LTS）默认情况下，只有/etc/profile、/etc/environment 、/etc/bash.bahsrc、~/.profile、~/.bashrc、~/.bash_logout这6个文件。其他文件可以创建。~/.bash_profile(一般是用户在自己目录下新建的)。
Linux 登陆shell，交互shell以及环境变量读取顺序：
图片3.png
（1）Linux系统环境变量配置文件：
/etc/profile : 在登录时,操作系统定制用户环境时使用的第一个文件 ,此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行。
~/.profile : 每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执行一次!默认情况下,他设置一些环境变量,执行用户的.bashrc文件。
/etc/bashrc或/etc/bash.bahsrc : 为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bash shell被打开时,该文件被读取。(ubuntu没有这个文件/etc/bashrc，对应地，其有/etc/bash.bashrc文件)
~/.bashrc : 该文件包含专用于你的bash shell的bash信息,当登录时以及每次打开新的shell时,该该文件被读取。
（2）Linux的变量种类
按变量的生存周期来划分，Linux变量可分为两类：
1 永久的：需要修改配置文件，变量永久生效。
2 临时的：使用export命令声明即可，变量在关闭shell时失效。
（3）环境变量的查看
1 使用echo命令查看单个环境变量。例如：
echo $PATH
2 使用env查看所有环境变量。例如：
env
3 使用set查看所有本地定义的环境变量（unset清除）
（4）设置变量的三种方法:
方法一：用户主目录下的.bashrc 或.profile文件（推荐）【对单一用户生效(永久的)】
例如1：(推荐）
echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/ncbi-blast-2.8.1+/bin/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
例如2：
vim ~/.bashrc #在文件其末尾加上下面一句
export PATH="~/biosoft/ncbi-blast-2.8.1+/bin/:$PATH"
方法二：直接运行export命令定义变量【只对当前shell(BASH)有效(临时的)】
export 变量名=变量值（没有双引号，与第一种方法有区别）
export PATH=~/biosoft/ncbi-blast-2.8.1+/bin/:$PATH #echo在第一个
export PATH=$PATH:~/biosoft/ncbi-blast-2.8.1+/bin/ ##echo在最后一个
方法三： 修改/etc/profile文件中添加变量【对所有用户生效(永久的)】（谨慎）
echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/ncbi-blast-2.8.1+/bin/' >> /etc/profile （root用户或者sudo权限用户）
2.全局软件
（1）sudo apt-get install packages
（2）设置环境变量，修改/etc/profile
user@super-server:~$ sudo vim /etc/profile
user@super-server:~$ source /etc/profile #source不需要sudo
注意：我测试sudo安装和修改 /etc/profile安装，同时存在时，默认先调用sudo安装的版本。
（3）软连接到主目录（环境变量读取的主要目录）
3.软件调用
①读取顺序，参看1.1。
②多个版本软件调用指定版本（非root用户）：
✿绝对路径或相对路径调用，就是命令前有文件夹名。
✿使用conda创建多个环境，安装不同的版本软件。
✿使用export /path/to/ncbi-blast-x.x:$PATH，将对应版本的BLAST提前。
ps：有些东西老是记不住，各种符号，感觉都学串啦~
4.参看来源
https://www.cnblogs.com/qiuhong10/p/7815943.html
用Modules优雅地管理你的环境变量:https://www.jianshu.com/p/c07820dbdfb4
详解/etc/profile、/etc/bash.bahsrc、~/.profile、~/.bashrc的用途:https://blog.csdn.net/jirryzhang/article/details/70833544
Linux 登陆shell，交互shell以及环境变量读取顺序： https://blog.csdn.net/robinson_0612/article/details/77198412
网友评论