python常见处理方法

目录

• dataframe
• 统计方法实现
• 文件操作
• 语法操作
• 网页操作

dataframe

• 字典转成Dataframe
• dataframe从头添加一行
• python对pandas某一列进行操作

def merge2Date(year, month, day, hour, minute):
    date  = datetime(int(year), int(month), int(day), int(hour), int(minute))
    return date
Train_data['cdate']   = Train_data.apply(lambda x: merge2Date(x.year, x.month, x.day, x.hour, x.minute), axis = 1)

• python某一列float转成int

df_bar['insize_k'] = pd.to_numeric(df_bar['insize_k']).round(0).astype(int)

• np.array随机生成dataframe某一列

df['gene1_old'] = pd.DataFrame(np.random.randint(1, 5, (20, 1)))[0]

• dataframe某一列的unique值

df['gene'].unique()

• 统计某一列的频率

df[col_name].value_counts()

• dataframe 按行遍历

for index, row in df.iterrows():
    print(index) # 输出每行的索引值

• index转成一列

df['index'] = df.index

• 删除某一列

del df['colName']

• 某一列转成index

df.set_index(["Column"], inplace=True)

• 修改某一列的名字

df.rename(columns={'a':'A'})

• 提取某几列

df[['a', 'b']]

• 按列合并

df0 = pd.merge(df_tmp, df_tmp2, on='gene')

统计方法实现

• python实现T-test
• python实现pvalue矫正

import statsmodels.api as sm
reject, pvals_corrected, alphacSidak, alphacBonf = sm.stats.multipletests(df['p'])

文件操作

• samtools操作

语法操作

• switch-case操作

        def foo(var, x, y):
            return {
            '+': lambda x,y: x+y,
            '-': lambda x,y: x-y,
            '*': lambda x,y: x*y,
            '/': lambda x,y: x/y, 
            }[var](x,y)

• 字典按value排序

## dic.items() 已经将字典变成(key,value)元组
## key中代表用item[1]作为
tmp = sorted(dic.items(), key=lambda item:item[1], reverse=True)

网页操作

• 添加元素

import html

def make_element(name, value, **attrs):
    keyvals = [' %s="%s"' % item for item in attrs.items()]
    attr_str = ''.join(keyvals)
    element = '<{name}{attrs}>{value}</{name}>'.format(
                name=name,
                attrs=attr_str,
                value=html.escape(value))
    return element

# Example
# Creates '<item size="large" quantity="6">Albatross</item>'
make_element('item', 'Albatross', size='large', quantity=6)

# Creates '<p>&lt;spam&gt;</p>'
make_element('p', '<spam>')