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ScType 数据库:单细胞自动化注释工具

ScType 数据库:单细胞自动化注释工具

作者: 一只小脑斧 | 来源:发表于2022-03-27 21:29 被阅读0次

    ScType 数据库(https://sctype.app)

    生信人文章:
    https://mp.weixin.qq.com/s/z0pSF8pUC7awegxmKBxwpg

    在GitHub上提供了可供使用的R包集代码(https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type/)

    开源 R 实现(https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type

    ScType数据库(https://sctype.app/database.php

    总体而言,当前版本的ScType数据库包括17个人体组织中194种细胞类型的3,980个细胞标记物和17个小鼠组织中194种细胞类型的4,212个细胞标记。

    先跑下范例数据

    ##########ScType 示范数据集----

    #Quick start

    # load libraries and functions

    #加载三个包

    #install.packages("HGNChelper")

    lapply(c("dplyr","Seurat","HGNChelper"), library, character.only = T)

    #加载写好的代码

    source("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/R/gene_sets_prepare.R");

    source("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/R/sctype_score_.R")

    # get cell-type-specific gene sets from our in-built database (DB)

    #加载参考基因集ScTypeDB_short.xlsx,提取其中的Immune system

    gs_list = gene_sets_prepare("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/ScTypeDB_short.xlsx",

                                "Immune system") # e.g. Immune system, Liver, Pancreas, Kidney, Eye, Brain

    #细胞类型中阳性和阴性标记基因

    gs_list$gs_positive

    gs_list$gs_negative

    # assign cell types

    #load example scRNA-seq matrix

    scRNAseqData = readRDS(gzcon(url('https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/exampleData.RDS')));

    #注释

    es.max = sctype_score(scRNAseqData = scRNAseqData, scaled = TRUE, gs = gs_list$gs_positive, gs2 = gs_list$gs_negative)

    # View results, cell-type by cell matrix. See the complete example below

    View(es.max)

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