targetScan

基于文献《Prediction of Mammalian MicroRNA Target 》中的叙述，往往通过miRNA的 seed region（5‘ -> 3' 第2-7个碱基)来鉴定与lncRNA或者mRNA的互作

通常情况下是寻找lncRNA或者mRNA的3’ UTR区与miRNA的 seed region 互补，来判断两条序列是否有互作关系，下面有几款常用的预测软件

该软件需要准备miRNA的 seed region 的序列文件和 lncRNA或者mRNA的UTR区的序列文件
在 targetScan 里面可以下载perl脚本和示例文件

miRanda

该软件也需要准备miRNA的 seed region 的序列文件和 lncRNA或者mRNA的UTR区的序列文件，miRanda的基本原理是考虑了miRNA和target序列的匹配程度，以及形成双链符合结构的自由能
然后利用miSVR对miRanda预测出来的结合位点打分，分数越低的结合位点越可靠
Github地址：github

RNAhybrid

输入文件类似于miRanda，Github地址：github
其基本原理也是根据miRNA和target序列的匹配程度来预测的