大分裂战争可以称得上是人类史上没有第二例的规模最大的内战，直接参战人员多达4600万，而被卷入战争的平民是这个数字的30倍！整整7个殖民地都在战后满目疮痍，处处是难以愈合的伤痕。每颗殖民星球的轨道上几乎都有无数的金属云团和大大小小的钢铁碎片，多到甚至一段时间内飞船无法正常出入星球大气层——因为这些垃圾几乎构成了一个个包围星球的星云团，十分致命。
一开始，这场战役是由于有一些殖民地为牟取更大的利益，纷纷嚷着闹独立。一开始只是上表意见书，当然这些文件都石沉大海。于是后来干脆觉得山高皇帝远，地球那边管不到，一个个竖起了自己的旗帜。而一艘载着联合国议员的船只没有接到任何警告开入星系，立刻被击毁，400多人全部葬身火海。之后，北美洲舰队也以牙还牙，用次声波氢弹攻击了该星球的首府埃滋莱克西姆斯，氢弹在12000英尺的高度爆炸，但冲击波依然如洪水猛兽一样摧毁了城市。结果，局势一发不可收拾，周围的殖民地担心被攻击，组成联盟公然对抗地球国际，还消灭了正在返航的北美舰队第三编队，并俘获了部分落单的第二编队飞船。
全面战争最终爆发了，只是来的稍微晚了一点。人类控制区内，几乎成了三国鼎立的状态：新地平线星和翡翠星系宣布效忠于地球国际；灵芒星、半人马座r星和DF5247组成殖民地联盟；而赛博卡殖民地宣布中立，即便如此，它却没有一点中立的样子，是一株墙头草，哪边局势好就帮哪边。战争初期，持有四分之三的船舰的地球国际占了上风，自恃军力雄厚，且掌握了最大的工业殖民地和资源殖民地。可殖民地联盟正好相反，所有能打仗的飞船都是东拼西凑硬生生整编成一体的，而且武器种类不一，后勤补给十分困难——更何况星球上连军用船坞都没有，兵工厂一共才两座，且原料奇缺。战争爆发不久就陷入劣势，地球舰队和他们作战就像宰杀羔羊。
但殖民地的人们没有放弃，他们用各自的方法来弥补劣势。所有民用船交通船甚至穿梭机都被改造成武器，甚至还有飞船坟场里挖出来的。能用的搭载武器，坏的比较彻底的就当导弹使。而且大规模的舰队被拆散，变成了茫茫太空中的一股股游击队，如幽灵般神出鬼没，打击地球舰队的军事力量。甚至在一次会战中，两支完全由巡游艇组建的游击队摧毁了一艘大型巡洋舰，足足有2公里长。就这样，殖民地联盟一度扭转了战局，地球国际反而处到了下风。
好景不长，地球国际建造了一艘超大型飞船“线粒体”号，它足足有4公里长，几乎是一座小型太空站！它搭载了强大的引力波武器，可以摧毁半径60个天文单位内的一切敌对目标飞船的集成电路设备；它高强度的伽马射线离子束可以在130个天文单位的距离上精确定位一只蚊子；而新兴科技带来的高能量子通讯雷达能搜索辨别180个天文单位内的物体。有了“线粒体”号，殖民地联盟的游击队几乎是暴露在光天化日下，好像是一幅二维展开的图形，所有一切都暴露无遗。“线粒体”号挥起了屠刀，不到一年便摧毁了7000艘敌舰。一段时间里，游击队几乎销声匿迹，因为任何的行动都无异于自杀。
但如果要想取得胜利，必须摧毁它！经过紧密筹划，殖民地联盟调集几乎所有的战力——也是最后的战力——1700艘飞船，在一处星系边缘展开决战。
殖民地联盟先出动了一艘一千五百米长的大型标靶船，而且伪装的十分精妙——船上载满了武器，全部设置待发；反应炉全功率推进，而且每隔一段时间还会随机发出一些作战信息。甚至为了伪装，还安排了一千多只装上定位芯片的猴子！“线粒体”号误认为这是对方的旗舰，于是缩小了量子雷达的搜索范围，以保证能准确定位。但此时它也完全暴露了自己，根本没搜索到正在悄然接近的游击队。就在高能伽马离子束将靶船蒸发掉一半并把另一半变成炸开的铁水团的那一霎，800艘大大小小的飞船以迅雷不及掩耳之势冲向“线粒体”号，并疯狂地攻击。虽然舰载激光不断加倍返还伤害，但雷达还没恢复，无法准确定位，只能像一群醉醺醺的酒鬼那样胡乱射击。但很快“线粒体”号便展开了反击，一次便摧毁了一半的飞船。即便如此，它还是无法在和小型船的近距离搏斗中占到半点优势，很快面目全非。这时，一架载有三亿吨当量核弹头的穿梭机一头撞进了它的反应炉，引发了强烈的爆炸。几乎没有多少殖民地联盟飞船逃脱，但“线粒体”号，这艘地球舰队的骄傲，也化为了宇宙尘埃。
这场战斗结束后，双方几乎都无力再发动主动式进攻，估计甚至都难以防守：地球国际仅剩下122艘恒星际战舰，而殖民地联盟失去了所有的太空力量。谁都没有精力把战争在继续下去。最终，殖民地联盟先伸出了橄榄枝，提出和解。而疲惫不堪的地球国际找到了一个台阶，顺水推舟下去了。于是双方就此签订了“殖民地条约”——各殖民地仍然隶属地球国际，但拥有高度自治权。
和平来的还是太晚了，因为这场战争已经有8000多万人死于非命。其中参战人员就占三分之一。千余座城市化为灰烬，4亿人失去了家园。并且，因为资源短缺，殖民地联盟的人口仍在不断减少，由于受到了辐射，许多新生儿夭折。土地种不出庄稼，海洋也被污染。战后5年内就从战前的总人口18亿降低到了5亿，而且还在下降。而地球国际的人口也蒸发了三分之二。文明又倒退了一百多年，并有人预测，可能未来一个世纪内都难以恢复
世界已经被重创，愿从今往后，世界不再有战争。
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