circlize

作者: Thinkando | 来源:发表于2019-12-07 12:36 被阅读0次

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    circos.points():在单元格中添加点。
    circos.lines():在单元格中添加行。
    circos.segments():在单元格中添加细分。
    circos.rect():在单元格中添加矩形。
    circos.polygon():在单元格中添加多边形。
    circos.text():在单元格中添加文本。
    circos.axis()ands circos.yaxis():在单元格中添加轴。
    circos.initialize():在圆上分配扇区。
    circos.track():在一条轨道中为单元创建绘图区域。
    circos.update():更新现有的单元格。
    circos.par():图形参数。
    circos.info():打印当前圆图的常规参数。
    circos.clear():重置图形参数和内部变量。

    1. circos.par():图形参数。

    start.degree:扇区的起始位置
    gap.degree:两个相邻扇区之间的间隙。
    gap.after:与相同gap.degree
    track.margin:绘图区域之外的空白区域留空,相对于单位圆半径的百分比
    cell.padding:单元格的填充。底部,左侧,顶部和右侧
    unit.circle.segments:曲线线段数量
    track.height: 轨道高度
    points.overflow.warning:警告
    canvas.xlim:画布中的范围沿x方向坐标。
    canvas.ylim:画布中的范围沿y方向坐标。
    clock.wise:绘图扇区的顺序。默认值TRUE表示顺时针(图2.5请注意,在每个单元格内部,x轴的方向始终是顺时针方向,y轴的方向始终是圆的内部到外部。

    2. circos.track():在一条轨道中为单元创建绘图区域。

    circos.track(factors, ylim = c(0, 1), track.index = 1, ...) # 修改本单元格
    circos.update(sector.index, track.index) # 更新单元格
    circos.points(x, y, sector.index, track.index) # 画点图
    panel.fun:加入函数
    sector.index:扇区名称。
    sector.numeric.index:扇区的数字索引。
    track.index:轨道的数字索引。
    xlim:x轴上的最小值和最大值。
    ylim:y轴上的最小值和最大值。
    xcenter:的平均值xlim。
    ycenter:的平均值ylim。
    xrange:定义为xlim[2] - xlim[1]。
    yrange:定义为ylim[2] - ylim[1]。
    cell.xlim:由单元格填充在x轴上的最小值和最大值。
    cell.ylim:y轴上的最小和最大值由单元格填充扩展。
    xplot:绘图区域中左右边界的程度。第一个元素对应于x轴上的值的起点,第二个元素对应于x轴上的值的终点。由于单元格中数据坐标中的x轴始终为顺时针,xplot[1]因此大于xplot[2]。
    yplot:绘图区域中上下半径的半径。
    cell.start.degree:与相同xplot[1]。
    cell.end.degree:与相同xplot[2]。
    cell.bottom.radius:与相同yplot[1]。
    cell.top.radius:与相同yplot[2]。
    track.margin:单元格的边距。
    cell.padding:单元格的填充。
    set.current.cell():标记为“当前”单元格
    reverse.circlize():从极坐标转换为指定的数据坐标
    convert_length():将绝对单位转换为画布坐标。

    3. circos.points(),circos.lines(),circos.text(),circos.rect()

    circos.trackPoints():将点同时添加到同一轨道的所有扇区。
    circos.lines(x, y)
    circos.lines(x, y, sector.index, track.index)
    circos.lines(x, y, col, lwd, lty, type, straight)
    circos.lines(x, y, col, area, baseline, border)
    circos.segments(x0, y0, x1, y1)
    circos.segments(x0, y0, x1, y1, straight)
    circos.text():支持七种这是面临的选择inside,outside,clockwise,reverse.clockwise,downward,bending.inside和bending.outside。请注意bending.inside和bending.outside,目前仅支持单行文本。如果要将弯曲的文本分为两行,则需要将文本分为两行,并分别添加每行circos.text()。
    adj在内部传递给text(),因此,它实际上在水平或垂直方向(在画布坐标系中)调整文本位置。
    circos.text(x + ux(2, "mm"), y + uy(2, "mm"), labels)
    circos.rect()
    circos.rect(xleft, ybottom, xright, ytop)
    circos.rect(xleft, ybottom, xright, ytop, sector.index, track.index)
    circos.rect(xleft, ybottom, xright, ytop, col, border, lty, lwd)
    circos.polygon()用绘制平滑线的标准偏差区域

    4. circos.axis()

    a:主要滴答是自动计算的,其他设置是默认值。
    b:刻度线指向圆的内部,刻度标签的朝向设置为outside。
    c:x轴的位置bottom在单元格中。
    d:刻度线指向圆的内部,刻度线标签的朝向设置为reverse.clockwise。
    e:手动设置主要刻度,还设置x轴的位置。
    f:将数字标签替换为字符,且不需打勾。
    g:主要和次要都没有刻度,刻度标签的朝向设置为reverse.clockwise。
    h:两个主要刻度之间的次要刻度数被设置为2。刻度时间更长。刻度标签的对面设置为clockwise。


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