The Gene Ontology Resource: 20 years and still GOing strong
基因本体资源(GO;(http://geneontology.org)提供有关基因和基因产品功能的结构化、可计算的知识。GO成立于1998年,目前已广泛应用于生命科学领域,其内容在数量和质量上都在不断改进。在这里,我们报告了过去两年GO资源的主要发展。现在,每个月发布的GO资源都被打包,并被赋予一个唯一标识符(DOI),使基于GO的分析能够在未来对特定发布进行复制。分子功能本体已被重构,以更好地代表基因产物的整体活性,重点是转录调节活性。已经加大了质量保证工作的力度,以解决可能过时或不准确的注释。现在,用于高通量实验的新证据代码允许用户过滤从这些来源获得的注释。GO- cam是一种表达基因功能的新框架,它比标准的GO注释更具表现力,用户现在可以探索这些不断增长的模型库。我们还提供了“GO ribbon”小部件,可以将GO注释可视化到一个基因上;小部件可以很容易地嵌入到任何web页面中。
https://geneontology.cloud/home
GO资源已经持续发展了20年,没有任何放缓的迹象。本体和注释都在不断更新,以回应新的基因功能实验发现,并积累基因如何在更大的系统中一起工作的知识。GO联盟正在加大对注释的审查力度,特别是那些较老的注释,可能已经被更新的发现所取代。GO一直是一个开放的、社区的项目,我们希望GO的用户能够联系我们,就我们如何改进资源提出建议。GO版本现在是每月发布一次,带有持久的DOI,我们建议所有发布的基于GO的分析都引用这个DOI,以实现可重现性。GO-CAM是我们定义和表达基因功能的新框架,更加准确、一致和精确,它正在被用于创建越来越多的生物模型,我们鼓励分析工具开发者社区探索这些模型的新格式和潜在的新应用。
在 2000年的时候也有文章总结了GO的发展。
基因组测序清楚地表明,决定核心生物功能的大部分基因是所有真核生物共有的。在一个生物体中这种共享蛋白质的生物学作用的知识通常可以转移到其他生物体。基因本体论联盟的目标是产生一个动态的、可控的词汇,可以应用于所有的真核生物,即使基因和蛋白质在细胞中的作用的知识正在积累和改变。为此,可以在GO(http://www.geneontology.org)上访问的三个独立本体正在被构建:生物过程、分子功能和细胞成分。
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