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确认过java 版本,GSEA遇上正确的运行环境

确认过java 版本,GSEA遇上正确的运行环境

作者: dandanwu90 | 来源:发表于2018-12-24 20:21 被阅读0次

    背景:Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states 。(官网下载需填邮箱)

    网址:http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

    遇到问题: (集中在Java版本)1. GSEA运行需要Java; 2. 电脑自带Java,打不开GSEA

    发现问题: GSEA支持java 版本(java 8)与电脑Java版本(java 11.0.1)不匹配。(在下载的时候有提示java版本,没看说明导致!!!)

    解决问题:

    1. ##查看电脑 java 版本

    java -version

    2.我选择用conda安装java 8

    ## 根据你自己的电脑来选择性安装conda

    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    # 然后修改镜像,加快下载速度

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

    conda config --set show_channel_urls yes

    ##安装

    sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    ## 把java8安装到指定环境,隔离开来

    conda create -n qc

    source activate qc

    conda install openjdk=8.0.152

    ##版本成功,查看java版本

    java -version

    ##运行:

    java -jar gsea-3.0.jar

    ##很多broad institute出品的软件都依赖于 java8

    ## 想了解版本,

    conda search openjdk

    Loading channels: done

    # Name                  Version          Build  Channel         

    openjdk                7.0.161  zulu7.21.0.3_0  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.112  zulu8.19.0.1_0  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.112  zulu8.19.0.1_1  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.112  zulu8.19.0.1_2  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.112  zulu8.19.0.1_3  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.121              0  pkgs/free       

    openjdk                8.0.121              1  pkgs/free       

    openjdk                8.0.121  zulu8.20.0.5_0  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.144  zulu8.23.0.3_0  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.144  zulu8.23.0.3_1  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.144  zulu8.23.0.3_2  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                8.0.152      h393ad39_1  pkgs/main       

    openjdk                8.0.152      he2ab291_0  pkgs/main       

    openjdk                8.0.192      h470a237_2  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  9.0.7    h470a237_14  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  9.0.7    h470a237_15  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  9.0.7      h470a237_2  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  9.0.7      h470a237_3  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  9.0.7      h470a237_4  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  9.0.7  zulu9.0.7.1_0  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  10.0.2    h470a237_14  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  10.0.2    h470a237_15  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  10.0.2      h470a237_2  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  10.0.2      h470a237_3  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  10.0.2    zulu10.3+5_0  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1    h470a237_10  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1    h470a237_11  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1    h470a237_13  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1    h470a237_14  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1      h470a237_2  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1      h470a237_3  anaconda/cloud/conda-forge

    openjdk                  11.0.1    zulu11.2.3_0  anaconda/cloud/conda-forge

    感谢:Jimmy 以及生信技能树

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