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宏病毒组学 | 病毒宏基因组学(Meta-virome)

宏病毒组学 | 病毒宏基因组学(Meta-virome)

作者: 表观遗传学爱好者 | 来源:发表于2021-09-10 09:24 被阅读0次

病毒宏基因组学(Meta-virome)是在宏基因组学理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支,是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象,能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成,在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可应用于人或动物肠道或者血液样本、海洋、土壤等的研究,用以挖掘潜在的对人类和环境的危害。

高效的宏病毒组颗粒富集方法,可对微量样本进行病毒颗粒富集,并保证病毒活性及高均质性,为宏病毒组学、噬菌体与细菌之间的互作关系等研究提供优良技术支持。

技术路线

信息分析

由NT-V、ViPR、PATRIC、IRD等数据库序列组成的非冗余病毒序列数据库。

技术参数

样本要求

样本直接运输(干冰);粪便、土壤、底泥建议≥400mg(最低不低于200mg);水样需微孔滤膜过滤后送样。

测序策略:PE150

其他注意事项:

① 最终样本质量以我司的检测结果为准;

② 若样本总量超过要求,可以进行样本保存,反样;项目完成后,将不再保存剩余样品。

项目周期

15个样本以下标准运转周期约为45个工作日,大样本量项目需分批建库,项目周期需要与技术支持人员确定。

产品

可对微量样本中的病毒组进行有效分离。

对噬菌体不造成损伤,最大程度保证了病毒活性,适用于下游FVT研究。

相较于传统的PEG,CsCl等方法,均质性高,噬菌体偏好性低。

全面的数据分析策略,定制的多组学关联数据挖掘。

研究案例

噬菌体是粪便病毒组的主要成员,粪便病毒组移植(FVT)或能有效的调节肠道菌群。Gut最新发表了来自丹麦哥本哈根大学团队(易基因合作方)的研究,在该项概念验证试验中发现,接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后,饲喂高脂食物的小鼠体重增长变慢,同时还能保持正常的血糖指标,FVT引起的肠道菌群变化介导了这些保护性功能代谢作用。这项研究表明,FVT疗法或能用来改善肥胖和糖尿病等肠道菌群相关代谢类疾病。

参考文献:Faecal virome transplantationdecreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model DOI:10.1136/gutjnl-2019-320005[if !vml]

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