在chip_seq数据分析中，通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究，查看其分布是否存在规律，比如是否在转录起始位点，或者转录终止位点附近存在富集，此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。教程参考。
http://www.weinformatics.cn/4820741406-2/
https://zhuanlan.zhihu.com/p/166282791?utm_source=wechat_session
https://www.plob.org/article/11392.html
http://www.360doc.com/content/17/1218/22/19913717_714335774.shtml

1. computeMatrix 此工具依赖于之前步骤生成的bw文件，再给出bed或者gtf文件的区域（例如TSS），计算每个基因区域的结合得分，生成中间文件用以给plotHeatmap和plotProfiles作图。

reference-point mode：针对一个点，计算其周围信号分布。比如转录起始点。如果针对的是TSS转录起始点，那么对应的bed里面第二列的位置。bed里第一列是染色体号，第二列是转录起点，第三列是转录终点。
scale- regions mode: 针对一个区间，包含起点，终点。计算范围内的信号分布。

2. 单一bam文件从bam到bw，再用computeMatrix，最后用plotheatmap展示热图，用plotprofile展示折线图的脚本。

project=/data/zds209/ssresult
ls $project | if [ ! -d visual ]; then 
                       mkdir -p $project/visual; 
                       fi
ls $project/clean/*.rm.bam | while read id
do
file=$(basename $id) 
sample=${file%%.*} 
bamCoverage -b $id -o $project/visual/$sample.bw
computeMatrix reference-point  -p 5 \
--referencePoint TSS \ #也可以是TES, centre
-b 3000 -a 3000\ # b上游，a下游，上游和下游多少 bp 之间的区间
-S $sample.bw \   #提供bigwig文件
-R /data/zds209/database/ucsc.gh38.bed\   #提供基因的注释信息（必须有）
--binSize 10 \
-o  $project/visual/$sample.gz\
--outFileSortedRegions $project/visual/$sample.bed
plotHeatmap -m $project/visual/$sample.gz # -m是前面computeMatrix产生的.gz文件。
-out $project/visual/$sample.png \
--colorMap  RdBu\
--whatToShow 'plot, heatmap and colorbar'\

done

名词：转录起始位点(TSS)和转录终止位点(TES)

3.获取基因组的bed、gtf注释文件

由于之前做单细胞cellranger，需要注释文件夹，查到里面有gene的gtf格式文件。但是这次需要bed格式的，要了解各种格式的意义用途。参考教程：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/209019545
基因组注释文件gff和gtf
gff全称General featureformat，主要是用来注释基因组。gtf全称Gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。
从ensemble下载的gtf文件前5行一般是以#开头的注释信息，而bed没有前面的注释，上来第一行就是数据。。

可以从UCSC上下载之，得到一个物种的所有基因的TST区域的bed文件。
简言之，http://genome.ucsc.edu/ 网站，tools里面选择table browser

image.png

human hg38的有28M，小鼠mm10有20M。

4.多个文件从bam，到bw，再用computeMatrix，最后用plotheatmap展示热图，用plotprofile展示折线图的脚本。

project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls $project | if [ ! -d visual ]; then 
                       mkdir -p $project/visual; 
                       fi
ls $project/bam/*.sorted.bam | while read id
do
file=$(basename $id) 
sample=${file%%.*} 
#bamCoverage -b $id -o $project/visual/$sample.bw

computeMatrix reference-point -p 5 --referencePoint TSS -b 3000 -a 3000 -S $project/visual/*.bw -R /data/zds209/database/mm10.refseq.bed -o $project/visual/ChIP-test.gz --outFileSortedRegions $project/visual/ChIP-test.bed --skipZeros

plotHeatmap -m $project/visual/ChIP-test.gz -out $project/visual/ChIP-test.png --colorMap RdBu --whatToShow 'plot, heatmap and colorbar' --kmeans 3
plotProfile -m ChIP-test.gz -out $ChIP-testProfile.png --plotType=fill --perGroup --numPlotsPerRow 2 --colors red yellow blue green --plotTitle "ChIP-test220612"
done

5.在Shell脚本中想要将Linux语句执行的结果赋值给某个变量，一定要将语句用反引号（Esc键下面的键）包裹起来，用单引号、双引号或者不用引号，该变量都得不到该语句执行的结果。

image.png

这是一种把某个文件夹下的文件列出来，并且放到一个变量中，可以用于后面的脚本编程。
再比如，可以把一个txt文本里面的内容放到一个变量中。

image.png