染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
chip-seq 实战就跟在转录组和外显子上的实战是没有本质区别的，只是它多了一些分析，转录组只找表达量做差异分析，外显子只找变异做变异注释，那chip-seq 找的是peaks和motif 。
转录因子(Transcription Factors, TFs)是指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子与特异性DNA结合通常概括为“基序”(motif)
ChIP-seq实验的基本步骤包括：
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通过甲醛使靶蛋白与染色质上目标区域的DNA交联结合
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通过超声或酶解的方法将染色质破碎成小片段（ 一般200-600bp合适）
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使用特定抗体与靶蛋白结合富集目标区域的DNA（抗体的选择很关键哦~）
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使靶蛋白与染色质上目标区域的DNA解交联，达到纯化DNA的目的
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通过PCR或者是qPCR检测目标区域的DNA是否被靶蛋白富集到，然后再进行测序分析。
ChIP-seq的分析流程：
懒，没有整理成电子版的，字丑请自动忽略
怎样识别富集区域？
从DNA测序的角度来说，因为测序都是5'端的reads，对于一个DNA序列来说（有正负链的），它mapping的位置正负链都有的（也就是红色和蓝色的reads都有），对这些reads位置进行统计画图可以看到一个红色的peak，一个蓝色的peak。这两个peak说明的是一个事情，就是这个地方有富集。最后对这两个peak进行merge，最后变成了一个富集区域。灰色的peak!
image.png
ChIP-seq的常见峰型
不同类型的蛋白或者组蛋白修饰会得到不同的峰形。三种主要数据分布类型：
sharp binding sites, CTCF (red);
a mixture of shapes, RNA Polymerase II (orange);
medium size, H3K36me3 (green);
large domains, H3K27me3 (blue)
ChIP-seq的不同峰
富集倍数
一般来说富集倍数要在5以上才算是显著，如何计算富集比率呢？看图~
富集比率计算
部分参考资料来自：https://www.jianshu.com/p/87bc2002e82c
感谢这位老铁对我的帮助，好人一生平安。
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