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GSDS本地镜像构建--docker版

GSDS本地镜像构建--docker版

作者: 组学大讲堂 | 来源:发表于2020-07-27 18:16 被阅读0次

GSDS网站有时候打不开,可能服务器没有人维护,原网站:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php

这里为了方便大家使用GSDS,绘制基因结构图,组学大讲堂免费提供一个镜像使大家可以在自己的电脑上搭建一个GSDS网站,这样就永远不会打不开网站了,具体方法如下:

搭建网站系统环境:

操作系统:win10教育版,

docker:docker桌面版本

1.下载组学大讲堂提供的专门为GSDS定制的docker镜像

> docker search omicsclass   #搜索镜像

NAME                           DESCRIPTION                                     STARS               OFFICIAL            AUTOMATED

omicsclass/gene-family         gene-family analysis docker image               4

omicsclass/rnaseq              RNA-seq analysis docker image build by omics…   3

omicsclass/reseq               whole genome resequence analysis                1

omicsclass/blast-plus          blast+ v2.9.0                                   0

omicsclass/biocontainer-base   Biocontainers base Image centos7                0

omicsclass/isoseq3             isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass              0

omicsclass/bwa                 BWA v0.7.17 build by omicsclass                 0

omicsclass/samtools            samtools v1.10 build by omicsclass              0

omicsclass/blastall            legacy blastall v2.2.26                         0

omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0

omicsclass/ampliseq-q2         Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image        0

omicsclass/bsaseq              NGS Bulk Segregant Analysis image               0

omicsclass/ampliseq-q1         Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image         0

omicsclass/gwas                gwas analysis images                            0

omicsclass/gsds-v2             GSDS 2.0 – Gene Structure Display Server        0

> docker pull omicsclass/gsds-v2  #下载镜像

2.下载GSDS网站源代码下载:gsds_v2.zip,然后解压文件到一个目录:

我这里解压到了:D:\gsds_v2

3.启动docker镜像:

>docker images#查看后台镜像

REPOSITORY               TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE

omicsclass/gsds-v2       latest              d77e054c3744        8 hours ago         2.54GB

mattrayner/lamp          latest              05750cfa54d5        5 days ago          915MB

omicsclass/bsaseq        latest              d5ed7a70bfc8        13 days ago         9.77GB

omicsclass/reseq         v1.1                da154448a90f        4 weeks ago         8.83GB

omicsclass/gene-family   v1.0                2d1d640726dd        3 months ago        4.53GB

>docker run -d -p 80:80 -v D:\gsds_v2\:/app omicsclass/gsds-v2:latest #后台启动docker网站服务器

4.打开网站使用本地GSDS网站:

网站本地地址:127.0.0.1   ,如果网站没有打开,可以稍等一下,后台服务启动需要时间;

5.docker安装与使用:

docker学习安装使用课程见:

https://study.163.com/course/introduction/1210028910.htm?share=1&shareId=1031484705


更多技能学习链接:

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705

更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

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8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读

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