GSDS网站有时候打不开,可能服务器没有人维护,原网站:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php
这里为了方便大家使用GSDS,绘制基因结构图,组学大讲堂免费提供一个镜像使大家可以在自己的电脑上搭建一个GSDS网站,这样就永远不会打不开网站了,具体方法如下:
搭建网站系统环境:
操作系统:win10教育版,
docker:docker桌面版本
1.下载组学大讲堂提供的专门为GSDS定制的docker镜像
> docker search omicsclass #搜索镜像
NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED
omicsclass/gene-family gene-family analysis docker image 4
omicsclass/rnaseq RNA-seq analysis docker image build by omics… 3
omicsclass/reseq whole genome resequence analysis 1
omicsclass/blast-plus blast+ v2.9.0 0
omicsclass/biocontainer-base Biocontainers base Image centos7 0
omicsclass/isoseq3 isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass 0
omicsclass/bwa BWA v0.7.17 build by omicsclass 0
omicsclass/samtools samtools v1.10 build by omicsclass 0
omicsclass/blastall legacy blastall v2.2.26 0
omicsclass/sratoolkit SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872 0
omicsclass/ampliseq-q2 Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image 0
omicsclass/bsaseq NGS Bulk Segregant Analysis image 0
omicsclass/ampliseq-q1 Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image 0
omicsclass/gwas gwas analysis images 0
omicsclass/gsds-v2 GSDS 2.0 – Gene Structure Display Server 0
> docker pull omicsclass/gsds-v2 #下载镜像
2.下载GSDS网站源代码下载:gsds_v2.zip,然后解压文件到一个目录:
我这里解压到了:D:\gsds_v2
3.启动docker镜像:
>docker images#查看后台镜像
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
omicsclass/gsds-v2 latest d77e054c3744 8 hours ago 2.54GB
mattrayner/lamp latest 05750cfa54d5 5 days ago 915MB
omicsclass/bsaseq latest d5ed7a70bfc8 13 days ago 9.77GB
omicsclass/reseq v1.1 da154448a90f 4 weeks ago 8.83GB
omicsclass/gene-family v1.0 2d1d640726dd 3 months ago 4.53GB
>docker run -d -p 80:80 -v D:\gsds_v2\:/app omicsclass/gsds-v2:latest #后台启动docker网站服务器
4.打开网站使用本地GSDS网站:
网站本地地址:127.0.0.1 ,如果网站没有打开,可以稍等一下,后台服务启动需要时间;
5.docker安装与使用:
docker学习安装使用课程见:
https://study.163.com/course/introduction/1210028910.htm?share=1&shareId=1031484705
更多技能学习链接:
http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705
更多生物信息课程:
1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
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3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5.微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课,学习链接:linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章,学习链接:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读。
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