空转第三节课多样本整合的补充

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2023-09-26 12:21 被阅读0次

在空间第三节课，空转多样本整合及去批次，涉及到的CCA和harmony的去批次效果，这篇文章我们来判断一下。

还是以课上演示过的4个liver样本为例，并进行简单的形态学划分

首先时CCA的分析结果

初步的判断来看，大致的分区结构是符合形态学划分的。

再来看看harmony

单从形态学而言，也很符合形态学的划分。

但是我们比较CCA和harmony的结果可以发现

harmony整合的过程中把正常区域整合在了一起，而CCA在整合的过程把部分正常区域和部分肿瘤区域合并成了一个cluster。

CCA对肿瘤区域的聚类结果更为混乱一点，这一点符合认知。

整体效果而言倾向于harmony的分析结果。

关于空间整合分析的结果仍然建议大家采用文献的思路，整合的过程分别使用CCA和harmony进行分析，根据形态学划分来判断采用哪种整合结果。

文章的最后提醒大家一下，很多人拿了我收集的marker表倒卖，我个人表示没有办法杜绝，我只希望了买了别人的marker表或者上课的课件等资料内容别来烦我就可以。

生活很好，有你更好

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