B站学习：生信人应该这样学R语言。

一、第一课 简介

1.学习函数就是要不断是试，才能搞懂。但要记住，恐怕需要多次使用吧。

a = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz"
a
[1] "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz"
c=substring(a,3,5)
c
[1] "cde"

2.帮助文档

？substring

第二课 变量

五种常见变量

1. 向量vector：可以是字符型，整数，数值型等。

class(a)
[1] "character"
d=c(1:5) #创建一串数字
d=1:5 #效果同上
class(d)
[1] "integer"
e=c(1.2,3,4)
class(e)
[1] "numeric"
g=c("f",2,7) #都是字符型的
class(g)
[1] "character"
a=seq(1, 2, length.out = 11) #用seq建立数值型向量
a
[1] 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 1.9 2.0

2. 矩阵matrix

在向量基础上，加一个维度。
a=1:10

a
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
dim(a)=c(2,5) #把a排成2行，5列。
a
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 3 5 7 9
[2,] 2 4 6 8 10
b=a[1,3] #取出第一行，第三列的数字，赋值给b
我发现a原来在右上象限是：value，但是dim以后成为了：data。赋值给b后，b还是value。

3.数组（Jimmy大神自己说没用过，我也不用学了）

4.数据框（data.frame)

数据框都是规整的，每一列的元素都是相同类型的。不同列可以是不同类型。但是矩阵中，必须都是相同类型的元素。
学会is函数和as函数

is.matrix(a) #is函数是查询某个变量是否该类型
[1] TRUE
is.data.frame(a)
[1] FALSE
如果要改变类型，可以用下面模式。
b=as.data.frame(a) #把a从matrix变成data.frame
b
V1 V2 V3 V4 V5
1 1 3 5 7 9
2 2 4 6 8 10
class(a)
[1] "data.frame"
is.data.frame(a)
[1] TRUE
is.matrix(a)
[1] FALSE

str() #用来查看详细数据结构（这个应该很常用）

5.列表

在数据框里，每一列都是一个列表，可以用V2 #就是提取a里第二列

6.索引

在一个数据框里，如果要选取某些行的数据时候，可以用两种方法：一是指定行数，二是用ture or false

1）指定行数：

a=read.table(.....txt)
temp=a[c(3,7,8),] #意思是取a这个数据框里面的第3，7，8行，赋值给temp，成为一个新的数据框。

2）用ture or false

grep('RNA-seq',a$Assay-type) #grep函数是查找，在a的Assay-type这一列中查找RNA-seq。