2020-01-18 NGS--STAR 建立参考基因

作者: my_derek | 来源:发表于2020-01-18 18:36 被阅读0次

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STAR --runThreadN 24\                      #线程         
            --runMode genomeGenerate\    #建参
            --genomeDir ~/4GTF/ \                  #建参路径
            --genomeFastaFiles ~/4GTF/Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.dna.toplevel.fa \   #参考基因
            --sjdbGTFfile ~/4GTF/Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.99.gtf \                  #GTF
            --sjdbOverhang 99                 #read-1 fastQC查看reads=100

2020-01-18 18-49-02屏幕截图.png

超级费CPU资源

2020-01-18 18-50-10屏幕截图.png

最后得到的文件

2020-01-18 18-50-54屏幕截图.png

PS：最后运行了几个小时，还是卡在这个界面，试了好几次，觉得还是STAR的软件有问题，biostar有人卡在这个界面几天还得不出个参考基因，果断换hisat2

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