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回归分析整洁表格的生成-基于gtsummary

回归分析整洁表格的生成-基于gtsummary

作者: 灵活胖子的进步之路 | 来源:发表于2022-09-22 18:10 被阅读0次

    回归分析整洁表格是生成-基于gtsummary
    教程官网地址
    https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/tbl_regression.html

    英文介绍
    The tbl_regression() function takes a regression model object in R and returns a formatted table of regression model results that is publication-ready.

    # 基本用法,逻辑回归
    m1 <- glm(response ~ age + stage, trial, family = binomial)
    
    # 返回整洁结果
    tbl_regression(m1, exponentiate = TRUE)
    
    结果 函数内科设定参数
    函数外配合使用参数
    #结果输出前需要用as_gt命令更改格式
    m1 %>%
      tbl_regression(exponentiate = TRUE) %>%
      as_gt() %>%
      gt::tab_source_note(gt::md("*This data is simulated*"))#添加文末标题
    
    结果
    m1 %>%
      tbl_regression(
        exponentiate = TRUE, 
        pvalue_fun = ~style_pvalue(.x, digits = 2),#p值保留2位小数
      ) %>% 
      add_global_p() %>%#添加总体p值
      bold_p(t = 0.10) %>%#p值小于0.1的时候加粗
      bold_labels() %>%#标签加粗
      italicize_levels()#分类变量的级别内容斜体
    
    结果
    
    trial %>%
      select(response, age, grade) %>%#筛选分析的变量
      tbl_uvregression(
        method = glm,#确定模型
        y = response,
        method.args = list(family = binomial),#广义线性模型的连接函数
        exponentiate = TRUE,#输出结果
        pvalue_fun = ~style_pvalue(.x, digits = 2)#p值保留两位小数
      ) %>%
      add_global_p() %>%  # 添加分类变量的整体P值
      add_nevent() %>%    # 添加事件数
      add_q() %>%         # 添加矫正后的P值
      bold_p() %>%        # P值小于0.05后加粗
      bold_p(t = 0.10, q = TRUE) %>% # q值小于0.05后加粗
      bold_labels() #标签加粗
    
    image.png

    最后放下gtsummary支持的算法,红色圆圈标记了医学研究中的常用模型

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