学习小组Day3笔记-Iris

作者: Irismengyu | 来源:发表于2018-09-12 22:48 被阅读46次

    我类个擦,看着今天的内容我就不想打开电脑看……所以带着师妹做实验……然后就晚了。废话不说了,赶紧干活儿,害怕如果有用的话,那我就天天呆在宿舍做噩梦了。
    1.首先明白需要下载一个bzip2,我的理解就是打开压缩包的一个命令,这个是基础,所以就下载喽……(bzip2)……报错,说明没有……安装(yum install -y bzip2 )……出现complete即可。
    2.下载软件商店miniconda,百度搜索,“miniconda安装”……如何查看自己的电脑是多少位?(电脑里搜索DXDIAG)……你看看百度真的可以解决百分之九十的问题……我的是64位。下载linux下的64位miniconda,结果无法和教程中一样右击复制链接,因此就选择新窗口打开“https://conda.io/miniconda.html”……下载的时候wget(空格!!!!)左击是复制,右击就是粘贴

    1.png
    第一遍的图被百度坑了,查的是32位的,因此就安装32位的。下载完,安装的时候没有看到,结果跟教程不一样,我就迷惑了。往上翻,里边有提示我的是64位的。
    关掉,重新安装 3.png

    上图有sh即为下载成功,若安装失败(安装),不用重新下载
    3.安装miniconda:bash(空格)+单引号中包括sh的一堆……yes—……
    注意:ls(l是L的小写)来搜索文件,rm -rf删除文件,具体流程见表。
    确实有点儿难了……想哭

    思维导图.png
    4.安装结束
    5.看看自己的环境“conda 环境”-----查看环境“conda info --envs”----显示如下 1.png
    6.如果要处理RNA-seq数据,则建立一个名叫rnaseq的conda环境,且指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)
    命令为:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    显示如下: 2.png
    7.再次查看环境:conda info --envs
    显示如下: 3.png
    多了一个rna-seq,默认仍为base需要激活!!!!“source activate rna-seq”,显示如下:
    注意*的变化
    8.输入fastqc,仅仅是查看,无其他命令执行。 5.png
    9.卸载软件:
    •如何卸载一个环境中的软件
    ◾卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
    ◾全部卸载,也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all
    ◾注意:最后卸载环境的时候,需要先退出当前环境,因为自己肯定不能把自己删除吧
    我复制了卸载某个软件的命令,即可删除。
    但是复制了全部卸载,即卸载整个环境,就会出现 6.png
    百度了一下如何退出环境,但是没有百度到,因此放弃了。就不下载环境了吧。

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      网友评论

      • 小洁忘了怎么分身:知道为啥被百度坑了吗?因为你要往服务器上下东西,和你的电脑配置无关,应该查的是服务器配置哦

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