终于有时间可以记录生信学习的内容了，前面虽然已经学了一遍，但由于工作比较忙和一些其他的事耽误了，没有做成笔记，导致一些内容学完后不久就忘记，通过这次在学习一遍来加强记忆，把学习的内容整理下，使到时候再回过来看能更好的找到自己所学的内容。好了，开始今天的学习吧。

R语言初识

1.R和Rstudio介绍

R：R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。
R ：开源，可扩展的环境
简单有效的编程语言
数据处理、清理和存储
统计与可视化
Rstudio：R语言的集成开发环境
特色：图形界面，优秀的学习工具，科研用途免费开源。

2.在Rstudio中新建项目Rproject（新建项目R，工作目录）

工作目录：脚本、数据、图片的默认保存位置，也是文件读取的默认位置
查找工作路径：getwd

image.png

3.新建脚本

file->New file->R Script image.png

4.Rstudio界面

1.脚本编辑器：输入代码和运行代码
2.控制台：这里既可以输入代码运行，也可以输出文字结果
3.environment、history以及connections。environment窗口中展示了当前程序中所有被调用以及创建的数据。同时，通过鼠标点击import dataset按键方式可以方便地导入r、spss、sas、excel、stata等多种格式的数据，对于新手比较友好。
冷知识2：history窗口保存着所有你运行过的代码的历史记录，很多同学在编辑代码时总是删除了代码后又想找回来再运行一遍。大多数同学选择在console中翻历史记录，但是console中保存着所有程序的交互信息，非常多且杂乱。而在history窗口中，你不仅可以快速找到你想要的历史记录，还可以直接通过选择to console或者to source将曾经运行过的代码返回到console或者script中（小贴士：某些调试程序用的一次性代码可以直接返回console中运行，而不是返回到script中，这样不会打乱程序结构）。
4.图片和网页输出区、目录文件查询区、包帮助文档查询区

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7. 与R的“交互”

用户--发送命令
R --执行并返回结果
交互式会话（session）

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交互的两种方式
（1）控制台窗口 控制台窗口是其中R是等着你来告诉它做什么的地方，在那里它会显示每个命令的结果。可以直接在控制台中键入命令，但session关闭时会清空.
（2）脚本编辑器 记录我们做过的一切，让代码和工作流程具有可重复性。点击脚本编辑器右上角的Run运行代码。

5.脚本的运行

1.逐行运行

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2.选中运行 image.png
快捷键：windows是ctrl+enter，mac是cmd+enter

6.注释

• 使用“#”为脚本添加注释。让自己和其他协作者了解代码的用途。
• R自动忽略“#”右侧的任何内容。

7.脚本保存

image.png

工作目录：脚本、数据、图片的默认保存位置，也是文件读取的默认位置

8.R 几类命令响应

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