群体遗传结构分析（admixture、PCA、NJ_tree）

首先，对 vcf 文件的格式进行转换，转换为 plink 格式：

vcftools   --gzvcf    test.vcf.gz     --plink   --out    test_out

而后根据连锁不平衡对数据进行过滤：

plink    --noweb   --file    test_out   --indep-pairwise   50  10   0.1    --geno 0   --out   test_out

plink --file  test_out --make-bed --extract test_out.prune.in --chr-set 12 no-xy --out test_out2

plink   --bfile   test_out2     --recode 12   --out     test_out3

基于上述文件，首先计算 admixture：

for  i   in   {2..8};   do   admixture --cv     test_out3.ped      ${i}    |   tee log${i}.out;    done

然后使用 gcta 进行 PCA 分析

gcta64 --make-grm --out test_PCA --bfile test_out2 --autosome-num 12

gcta64  --grm  test_PCA  --pca  3  --out  test_PCA_out

最后构建 NJ 树：

plink --file Nip_Low_Depth3 --distance-matrix --out Nip_distance2