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awk比较两文件(-)

awk比较两文件(-)

作者: 生信编程日常 | 来源:发表于2022-08-29 10:53 被阅读0次

发现awk比较的时候可以用-代替某一个文件,这样让整个代码更灵活:

cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' 1.txt -

取代第一个文件的位置:

cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' - 1.txt

这样在提取bam文件的信息的时候比较方面,比如:

samtools view -@ 8 reads.bam | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' reads_name.txt -

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