deSALT建立索引报错

最近在学习全长转录组分析，比对参考基因组有三种可用软件，我选择了deSALT和GMAP两种软件

两种软件的安装分别如下

• 软件:deSALT

1.安装   
cd soft
wget https://github.com/ydLiu-HIT/deSALT/archive/v1.5.5.tar.gz
tar -zxvf v1.5.5.tar.gz
cd deSALT-1.5.5/src/deBGA-master/
make
cd ..
make
测试使用    ./deSALT
2.创建索引
cd /public/jychu/reference/index
mkdir deSALT
cd deSALT
mkdir human
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.39_GRCh38.p13/GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fna.gz
gzip -d GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fna.gz
/public/jychu/soft/deSALT-1.5.5/src/deSALT index GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fa hg38.deSALT.index

报错

image.png

解决方法 用conda 下载软件

conda install deSALT
mkdir deSALT_index
建立索引
deSALT index GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fa deSALT_index

成功！

image.png

• 软件GMAP

cd soft
wget http:/research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2020-06-30.tar.gz
tar-zxvf gmap-gsnap-2020-06-30.tar.gz 
cd gmap-2020-06-30
./configure--prefix=$PWD 
make && make install
使用方法  /public/jychu/soft/gmap-2020-06-30/bin/gmap
建立索引
cd /public/jychu/reference/index
mkdir -p GMAP/human
cp ../../deSALT/human/GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fa ./
mkdir gmapdb
/public/jychu/soft/gmap-2020-06-30/bin/gmap_build -D gmapdb -d hg38 -k 15 GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fa

成功！

image.png