affy

常用函数

1 AffyRNAdeg

功能：计算RNA降解相关的统计数据并用图形展示。

返回值：RNA降解相关的统计数据及图形展示。

项目	描述
sample.names	样品名称
means.by.number	average intensity by probe position
ses	standard errors for probe position averages
slope	from linear regression of means.by.number
pvalue	from linear regression of means.by.number

AffyRNAdeg(abatch,log.it=TRUE)

summaryAffyRNAdeg(rna.deg.obj,signif.digits=3)

plotAffyRNAdeg(rna.deg.obj, transform = "shift.scale", cols = NULL, ...)

参数	注释
abatch	AffyBatch-class文件
log.it	默认为TRUE。若为TRUE则对探针数据进行log2转换。
rna.deg.obj	AffyRNAdeg的返回值
signif.digits	显示的有效数字。

2 expresso

功能：将原始探针强度转化为ExpressionSet。

返回值：ExpressionSet。

expresso(
afbatch,
# background correction
bg.correct = TRUE,
bgcorrect.method = NULL,
bgcorrect.param = list(),
# normalize
normalize = TRUE,
normalize.method = NULL,
normalize.param = list(),
# pm correction
pmcorrect.method = NULL,
pmcorrect.param = list(),
# expression values
summary.method = NULL,
summary.param = list(),
summary.subset = NULL,
# misc.
verbose = TRUE,
widget = FALSE)

参数	注释
afbatch	AffyBatch-class文件
bg.correct	是否执行背景修正。
bgcorrect.method	背景修正的方法。
normalize	是否执行标准化。
normalize.method	标准化的方法。
pmcorrect.method	pm修正的方法。
summary.method	汇总的方法。
widget	默认为FALSE。若为TRUE，则手动选择数据处理方法。

3 justRMA

功能：读取CEL文件并使用rma方法转换为ExpressionSet。不生成AffyBatch文件。

返回值：ExpressionSet。

just.rma(..., filenames = character(0),
phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),
description = NULL,
notes = "",
compress = getOption("BioC")$affy$compress.cel,
rm.mask = FALSE, rm.outliers = FALSE, rm.extra = FALSE,
verbose=FALSE, background=TRUE, normalize=TRUE,
bgversion=2, destructive=FALSE, cdfname = NULL)

justRMA(..., filenames=character(0),
widget=getOption("BioC")$affy$use.widgets,
compress=getOption("BioC")$affy$compress.cel,
celfile.path=getwd(),
sampleNames=NULL,
phenoData=NULL,
description=NULL,
notes="",
rm.mask=FALSE, rm.outliers=FALSE, rm.extra=FALSE,
hdf5=FALSE, hdf5FilePath=NULL,verbose=FALSE,
normalize=TRUE, background=TRUE,
bgversion=2, destructive=FALSE, cdfname = NULL)

参数	注释
filenames	文件名

注意：just.rma必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list），justRMA在不输入任何参数的时候表示读取工作路径下所有的CEL文件。若输入justRMA(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。

3 list.celfiles

功能：列出路径下文件名中包含.cel或.CEL的文件。

返回值：一个包含有文件名的list。

list.celfiles(...)

注意：若输入路径，则列出路径下符合条件的文件名；若不输入参数，则列出工作路径下符合条件的文件名。

4 MAplot

功能：展示芯片的MA图。

返回值：芯片的MA图。

MAplot(object,...)

Mbox(object,...)

ma.plot(A, M, subset = sample(1:length(M), min(c(10000, length(M)))),
show.statistics = TRUE, span = 2/3, family.loess = "gaussian",
cex = 2, plot.method = c("normal","smoothScatter","add"),
add.loess = TRUE, lwd = 1, lty = 1, loess.col = "red", ...)

参数	注释
object	AffyBatch-class的文件。
show.statistics	默认为TRUE。若为TRUE，则展示统计数据。
cex	字体大小。默认为2.
plot.method	分为"normal","smoothScatter"和"add"。"normal"展示散点图，"smoothScatter"展示扩散图，"add"表示将MA图加到已有的图片。

注意：一般使用MAplot。MAplot和Mbox可以直接输入AffyBatch类型的文件，其他参数和ma.plot一致。

5 mas5

功能：使用mas5方法将AffyBatch类型的文件处理为ExpressionSet文件。

返回值：ExpressionSet。

mas5(object, normalize = TRUE, sc = 500, analysis = "absolute", ...)

参数	注释
object	AffyBatch类型的文件。
normalize	默认为TRUE。若为TRUE，则执行Scale标准化。
…	其余参数与expresso函数相同。

注意，mas5算法没有进行log2变换。

6 mas5calls

功能：使用基于 Wilcoxon signed rank 基因表达 presence/absence 探测算法计算探针的状态。

返回值：含有探针"P","M"和"A"状态信息的ExpressionSet。

mas5calls(object,...)

mas5calls.AffyBatch(object, ids = NULL, verbose = TRUE, tau = 0.015,
alpha1 = 0.04, alpha2 = 0.06,
ignore.saturated=TRUE)

参数	注释
object	AffyBatch类型的文件。
verbose	默认为TRUE。若为TRUE，则显示执行进程。

注意：mas5calls返回一个包含有PMA状态和p值的ExpressionSet，分别使用exprs(obj)和assayData(obj)[["se.exprs"]]查看。

7 read.affybatch

功能：将CEL文件读取为AffyBatch。

返回值：AffyBatch。

read.affybatch(..., filenames = character(0),
phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),50 read.affybatch
description = NULL,
notes = "",
compress = getOption("BioC")$affy$compress.cel,
rm.mask = FALSE, rm.outliers = FALSE, rm.extra = FALSE,
verbose = FALSE,sd=FALSE, cdfname = NULL)

ReadAffy(..., filenames=character(0),
widget=getOption("BioC")$affy$use.widgets,
compress=getOption("BioC")$affy$compress.cel,
celfile.path=NULL,
sampleNames=NULL,
phenoData=NULL,
description=NULL,
notes="",
rm.mask=FALSE, rm.outliers=FALSE, rm.extra=FALSE,
verbose=FALSE,sd=FALSE, cdfname = NULL)

参数	注释
filenames	文件名
celfile.path	要读取的CEL文件的路径。

注意：read.affybatch必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list），ReadAffy在不输入任何参数的时候表示读取工作路径下所有的CEL文件。若输入ReadAffy(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。

8 rma

功能：使用RMA算法将AffyBatch转换为ExpressionSet。

返回值：ExpressionSet。

rma(object, subset=NULL, verbose=TRUE, destructive=TRUE, normalize=TRUE,
background=TRUE, bgversion=2, ...)

参数	注释
object	AffyBatch类型的文件。
verbose	默认为TRUE。若为TRUE，则展示执行情况。
normalize	默认为TRUE。若为TRUE，则执行quantile标准化。

注意：rma方法返回的表达值经过了log2变换。