铁死亡(Ferroptosis)最早由哥伦比亚大学Dr. Brent R.Stockwell在2012年提出,是一种铁依赖性的,区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。铁死亡的的本质是谷胱甘肽的耗竭,谷胱甘肽过氧化物酶(GPX4)活性下降,脂质氧化物不能通过GPX4催化的谷胱甘肽还原酶反应代谢,之后二价的铁离子氧化脂质产生活性氧,从而促使铁死亡的发生。
现在很多文章的套路都是先做差异表达分析,然后跟一个热点的基因集合取个交集,然后再做后续分析。例如我们前面讲过m6A相关的基因集
m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值
或者看这个基因集里面的基因是否跟临床信息相关
m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值
除了m6A相关的基因集之外,小编还见过免疫相关的基因集,血管生成相关的基因集,细胞焦亡相关的基因集合,铜死亡相关的基因集合等等。
今天我们就来聊聊如何获取铁死亡相关的基因集合。FerrDb数据库,是广州医科大学附属脑科医院和四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室共同开发的,是人工收集管理的铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库。截止到目前为止,该数据库从PubMed数据库下载了784篇关于铁死亡的文章,并从中提取铁死亡的调控因子和标志物以及相关疾病。数据库在更新中。
这个数据库根据基因与铁死亡的关系划分成了7大类,并且提供一次性的下载
可以根据研究需要下载相应类型的基因,也可全部下载下来再合并到一起。
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