Seurat: 修改 active.ident

1. Seurat 自带方法

Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata"

2. 自己写的方法

> Dmel <- SRR9705086_top5000_18_cluster_Average
> aa <- as.character(Dmel@meta.data$cell.type)    #得到所有细胞对应的细胞类型
> head(aa)
[1] "Early_spermatocytes" "Late_spermatogonia"  "Late_spermatocytes"  "Late_spermatogonia"  "Late_spermatogonia" 
[6] "Cyst_cells"         
> class(aa)
[1] "character"   #此时的aa数据类型为字符向量

> names(aa) <- rownames(Dmel@meta.data)   #给aa中的每个元素命名，所命名为元素对应细胞名（Barcode）
> head(aa)
   AAACCTGAGCCACTAT-1    AAACCTGAGGGCATGT-1    AAACCTGCAGTCCTTC-1    AAACCTGGTGTTTGGT-1    AAACCTGTCATCGGAT-1 
"Early_spermatocytes"  "Late_spermatogonia"  "Late_spermatocytes"  "Late_spermatogonia"  "Late_spermatogonia" 
   AAACCTGTCGAACGGA-1 
         "Cyst_cells" 
> class(aa)
[1] "character"   #此时aa的数据类型依然是字符向量

> Dmel@active.ident <- as.factor(aa)   #用新的细胞类型来替代原有的细胞类型，aa此时必须变成因子形式
> head(Dmel@active.ident)   #查看是否变换成功，变换完成
 AAACCTGAGCCACTAT-1  AAACCTGAGGGCATGT-1  AAACCTGCAGTCCTTC-1  AAACCTGGTGTTTGGT-1  AAACCTGTCATCGGAT-1  AAACCTGTCGAACGGA-1 
Early_spermatocytes  Late_spermatogonia  Late_spermatocytes  Late_spermatogonia  Late_spermatogonia          Cyst_cells 
9 Levels: Cyst_cells Early_spermatids Early_spermatocytes Early_spermatogonia Epithelial_cells Hub_cells ... Mature_spermatids