R的更新、R包安装及默认路径设置

更新R

version     #查看现有R版本
install.packages("installr")
library("installr")
updateR()   
#安装并加载installr包，并调用里面的函数updateR()

R包安装（三种方法）

installed.packages()   #查看已安装包
？packageName/functionName     #在已加载的包中去找
？？packageName/functionName   #在已安装的包内搜索
citation("vegan")   #查看包开发者信息
#怎样查找特定函数所在package？只能Google搜索
install.packages("packageName")    #R包安装途径一：从CRAN安装

install.packages("githubinstall")
library("githubinstall")
install_github('packageName')
#githubinstall包是用来从GitHub下载R包而专门开发的包，for直接从GitHub下载要指定仓库名，太麻烦

从Bioconductor安装可能是最需要学习的一种，注意用以前的source命令安装时会出现warning message：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.8 (BiocInstaller 1.32.1), ?biocLite for help
Warning message:
'BiocInstaller' and 'biocLite()' are deprecated, use the 'BiocManager' CRAN package instead. 

因为Bioconductor在R3.5版本以后已经换用BiocManager()来安装R包啦！

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("packageName", version = "3.2")   #用双冒号起到临时加载包，而不用library()，同时可以指定使用某包中的函数。

R包路径查看及设置

如何永久修改R包默认存储路径还没搞清楚。在R studio里修改.libPaths只在当前环境有用，一重启又不行。我修改了etc里的Rprofile文件，发现还是没用诶…
PS:R包存储路径和安装路径是不一样的。二进制文件默认下载到C盘的appdata里，加载之后存储在我指定的的library文件夹里。

getwd()    #查看当前目录work directory，若从桌面打开默认路径为"C:/Users/asus/Documents"
setwd()    #设置当前目录，或者直接session--set directory
.libPaths()    #查看现在的R包安装路径
.libPaths("C:/Program Files/R/R-3.5.2/library")    
install.packages("packageName",lib="paths")    

参考资料

[1] R语言包的安装

[2] 不用biocLite安装Bioconductor包

[3] R中双冒号的作用？

[4] 改变R语言默认存储包的路径