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生信猿如何用好Mac高效工作

生信猿如何用好Mac高效工作

作者: popucui | 来源:发表于2016-12-18 22:01 被阅读188次

    小明同学最近新买了Mac,喜滋滋的跑过来问我,“EditPlus有吗?给我拷一份吧” 我冲他笑了笑,语重心长地说“小明,首先欢迎你成为Mac用户一员,Mac没有EditPlus哦,不过还是有很多其他好用的软件可选的。其次,有一些使用Windows养成的习惯从今天起就把它忘了吧哈”。

    文本编辑器

    作为一名生信猿,平日里码代码是家常便饭,一款趁手的工具很重要。遇到求推荐编辑器的,我一般首推TextWrangler,免费、轻巧且常用的基本功能都有。工作中写的很多脚本需要在服务器上运行,因为软件和数据都在服务器端,这时候最方便的是脚本直接保存到服务器上,除了用Vim,还可以打开TextWrangler,选择『从sftp打开文件』,配置好账户就可以用了。这里再介绍几个常用快捷键:

    Cmd + n 新建文件Cmd + s 保存文件Cmd + o 打开文件Cmd + / 注释选中区域Ctrl + n 自动补全(依据当前文本上下文)Cmd + z 撤销上一步

    其实细心的你会发现,Cmd + n和Ctrl + n这样的快捷键在Mac的一些其他软件是一样的, 再比如Vim中自动补全也是Ctrl + n。

    除了代码,需要写文字的地方也很多,工作周报、部门培训文档以及自己做备忘。markdown是一个很好的选择,它是一种轻量级的文本标记语言,语法简单名了,比如怎样设置标题、字体加粗、列表以及引用,另外设置超链接、嵌入代码、图片或者数学公式都没有问题,十分钟包学会。

    markdown除了排版灵活,可读性强之外,还可以很方便地转化为html或pdf。比如准备部门内的一个分享,markdown写完之后直接导出pdf发给大家就行了。你现在看到的这篇文字就是基于马克飞象,写好之后同步到evernote账户。有道云笔记也支持markdown,但奇葩的是没有数据批量导出功能。

    ssh无密码登陆

    生信猿每天都要在服务器上面工作,而且我还喜欢一次打开好几个窗口,有的监控任务消耗,有的做项目,有的看代码。如果每次登陆都要输一遍密码就会很麻烦。这个方法的原理很简单,通过RSA加密生产一对公钥和私钥,而后把公钥拷贝到服务器的特定目录,以后使用ssh登陆,就不用输入密码了。方法是:

    #step1: 生产公钥和私钥

    $ ssh-keygen#此后会提醒你分别输入保存私钥文件的路径和passphrase,可以均回车(共三次)

    Enter fileinwhich to save the key (/home/user/.ssh/id_rsa):[回车]

    Enter passphrase (emptyforno passphrase): [回车]

    Enter same passphrase again: [回车]

    Your identification has been savedin/home/user/.ssh/id_rsa.

    Your public key has been savedin/home/user/.ssh/id_rsa.pub.

    #step2:拷贝公钥到服务器个人家目录,其实简单粗暴的拷贝也可以,不过如果你还有其他使用RSA密钥的账户,比如github,可能会受影响。

    $ ssh-copy-id-i~/.ssh/id_rsa.pub

    your server login password:

    #step3: 尝试登陆服务器

    $ sshuser@server-IP

    操作正确的话,就可以无密码登陆了,其实配置过命令行下使用github的话,对这个过程应该很熟悉。

    善用搜索

    遇到技术问题免不了要google一下,寻求解决方法。听我的,与其花时间精力寻找免费的google镜像或代理,不如付费订一个靠谱的服务。如果对这个服务感兴趣,在后台回复『邀请』,会得到一个我的邀请码,有24h免费试用机会,只能一个账户使用,先到先得。

    其实除了以上这些,还有使用github管理代码,bypy在命令行下管理百度网盘,不过网上已经有很好的教程,这里就不啰嗦了:

    配置命令行下使用github

    强大的bypy

    本文同步发布于简书和微信公众号JackTalk

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