清顺治元年(1644年)四月二十九，李自成在京称帝，次日弃城西撤；五月，清军进入北京；明福王朱由崧在南京称帝(年号弘光)，至此形成三足鼎立之势。
清廷制定了巩固京师，先攻西北，后定东南，各个击破的战略方针。攻占陕豫鄂，灭亡大顺政权。李自成退回陕西后不断扬言反攻，清摄政王多尔衮决定拿李自成开刀，先解决其对清廷的直接威胁。清廷实行剿抚兼施政策，很快平定了河北、山东、山西等地。十月，清廷又命大将军阿济格、多铎率领大军分别经山西、河南进入陕西夹攻李自成。经激战，大顺军节节败退，从西安转入商洛地区，陕西大部为清军占领。二年五月，李自成率部经湖北襄阳、武昌退至通山县九宫山，被地主武装杀害，大顺政权亡。
大顺军余部转与南明联合继续抗清。平定江南，灭亡弘光政权。二年一月，多铎占领西安后，又奉命进攻南京。三月，多铎会同其他两路清军攻占归德(今河南商丘)，继占徐州、泗州(今安徽泗县)等地，渡淮河，直逼扬州。弘光帝昏庸无能，朝中内乱不止，一直幻想联合清军消灭农民军。督师扬州的史可法告急求援，无人响应。清军长驱直入，扬州失守，史可法被杀。五月，清军渡长江，攻占南京、在芜湖(今属安徽)俘获朱由崧，弘光政权亡。
由于清廷实行民族压迫政策，强令汉人剃发，激起数十万军民反抗，后改变策略，实行以汉治汉，才迅速稳定了江南局势。进军四川，灭亡大西政权。清军攻占南京后，决定进军四川，攻击在成都称帝建立大西国的农民领袖张献忠。清廷先派驻陕部队入川，因遭汉中农民军阻击，未能得逞。三年初，清军再次增兵进攻，始得以入川。当行至南部县时，获悉张献忠已率军数十万抵达西充县，遂选派精锐为先锋，日夜兼程奔袭。十一月二十七日黎明，清军乘大西军不备，射杀张献忠。随后，分兵攻占四川全境，大西政权亡。
与此同时，清廷还派兵进攻浙江和福建，灭亡了鲁王和隆武政权。南攻两广，灭亡绍武和永历政权。三年八月，清廷命孔有德率军进攻湖南和两广。十月，又命李成栋率军从闽南进攻广东。这时，广东有两个南明政权：在广州称监国的朱聿锷(年号绍武)和在肇庆即帝位的朱由榔(年号永历)。他们互争帝统，不能协力抗清。李成栋一路势如破竹，十二月攻占广州，朱聿锷自缢，绍武政权亡。四年二月，孔有德一路攻占长沙，连克州县，进入广西，在进攻桂林时遭到大顺军余部与南明联军反击，连吃败仗，湖南得而复失。
五年四月，李成栋叛清归明，迎永历帝回广东，清廷大为震动。九月，清廷再派大军进攻，复得江西、湖南。七年、清军复占两广大部地区。十年五月，洪承畴受命负责湖广、云贵军务，制定了先安湖广，后平云贵的方略；十二月，控制了湖南、湖北全境。十五年四月，清军攻占贵阳，平定贵州，接着，兵分三路攻占昆明，迫永历帝逃往缅甸。吴三桂等率军追击，十八年十二月入缅甸境，迫使缅甸国王交出朱由榔，永历政权亡。
其将领郑成功以金门、厦门为基地，在东南沿海与清军继续作战，曾攻南京不克，退回厦门。十八年，郑成功进军台湾，驱逐荷兰殖民者，继续抗清。集兵川东鄂西，消灭夔东十三家军。顺治七年，大顺军余部先后进入夔州以东地区，联合当地反清武装，称十三家军，以湖北兴山县茅麓山为中心建立抗清基地。康熙元年(1662年)九月，清廷派大军从三面夹击，十三家军伤亡惨重，多次突围不成，许多将领被杀，但一直坚持斗争至康熙三年终于败亡。至此，清廷历经 20年，�始完成统一大业。
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