mate

人类代码：python full_human_1_2.py -i /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/SRR6999003_mapped.sam -f /mnt/x110/guosy/Database/hg19/samtools-index/hg19.fa -I /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/hg38_intron_111 -o /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/te

pysam的meta使用时需要sort并index，否则会报错，因此，两个文件都需要sort index，

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查看类型，并不是迭代器，因此？如果一对多怎么办。检查。

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新改之后可以出结果：

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结果：

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8个一样的

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85 61 97 重复

检查原文件，发现不是mate的问题，原文件就有很多重复

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grep发现确实很多

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在往intron上比之前的比较准。

改成用比到intron之前的：

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冗余的没有了

原文件：

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能对的上

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从exon取补集找intron，实际exon也有重叠。

awk，$0输出整条，$1才是第一个

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awk -F '\t' '{ if (($5 - $4 + 1) == $19) print $0}' test_bedtools

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做了个实例并用bedtools运行，因为bedtools取的不是完全在内而是只要有交集就行，因此还得过滤出最小的。

bedtools intersect -a test_SRR.gff -b test_genomic.gff -wo >test_bedtools

检查mate，用one_pair_but的

mate：

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原sam：

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结果的：

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显然，一个跑出的结果对应一条mate结果，而每个mate结果都是145的，

另：用pysam写入：

不需要后期再加header，

结果

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没区别，更方便

用法：

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尝试：没此文件能否实现。

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测试成功，只要给文件名即可，摒弃写入list再转存file的模式，出来的文件直接带有header。

在new上测试

python full_human_1_2.py -i /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/SRR6999003_mapped.sam -f /mnt/x110/guosy/Database/hg19/samtools-index/hg19.fa  -o /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/te/new_all

能一次性跑通，需要：分析结果

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双端的，其中之一，解释器原理

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首先不在exon

其次

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用hg19应该没彩色线

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彩线消失

特点，首尾一样齐

但是不是MHM，都是MS MH的类型

找到一个

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mate

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果然没去接头，因此出现HMH的状况。

经检查，有HMH的影响，multiple结果有干扰，如下：

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26H可能就是接头

目前先从onepair和twopair中取可信的，twopair观察igv结果，如下：

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36，92 =128

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64 64 =128

结尾都是98 开头都是84，即使有同序列不同名的情况，只要方向不同但比对到的位置一致也能证明，有多个片段时更好的。需要看一下位置，看一下2个被错配的原因

双端的一条被选为mate也能处理，

再查看14209：结果很好

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