这是Linux的操作系统,使用的VMware 安装的虚拟机的操作系统
生信常用命令
切换用户su
su -
切换回root目录(需要输入密码,Linux下输入的密码是不可见的)
su -chaimol
切换到chaimol用户模式下
切换到不同的目录位置cd
cd ~
快速进入/home/chaimol目录 (在非root用户模式下 )
cd -
返回进入本目录前所在的目录
mkdir newfile 创建一个名字为newfile的文件夹
cd ../
(进入上一级目录)
cd ./home
(进入同级的home文件夹)
mkdir name
新建一个名字是name的文件夹
touch myfirst.txt
新建一个名字为myfirst的txt文件
rm -rf myfirst.txt
删除名字为myfirst.txt的文件
复制cp
cp inex.html testBaidu
复制index.html到testBaidu文件夹内(会自动把时间戳改为当前的时间戳)
cp -p index.html testBaidu
复制index.html到testBaidu文件夹内(时间戳仍然是源文件的时间戳)
cp index.html index.css index.js testBaidu
复制index.html,index.css,index.js文件到testBaidu文件夹内
cp -r cat dog
把cat文件夹复制到dog文件夹内
移动、重命名mv
mv cat dog
cat重命名为dog
mv cat/ dog/
cat文件夹内容移动到dog文件夹,同时删除cat文件夹
rm index.html
删除index.html 会要求确认是否删除,输入y,则删除。
rm -f inex.html
删除index.html ,不要求再次确认。
rm -r dog/
删除dog文件夹,需要再次确认,输入y,则删除。(删除文件夹时,则会进入该文件夹,要求你一一确认是否删除文件夹里的每一项)
rm -rf dog/
删除dog文件夹,不需要再次确认。
查看文件夹内容ls
pwd
显示当前所在的目录
dir
查看目录内容(只显示文件名)
ls -l
查看所在目录内容(包括文件名和时间等详细列表)
ls -la
查看包含隐藏文件在内的本目录所有内容(文件大小全部显示以字节为单位显示)
ls
显示当前所在的目录内容(只显示文件名)
ls /
显示根目录的内容
ls -a
显示本目录内包含隐藏文件在内的所有文件(只显示文件名)
ls -ld
显示本目录自身的信息
ls -lh
显示本目录下所有内容(以列表的形式,只是文件大小会以合适的单位表示)
file index.css
确认index.css的文件格式
cat index.css
打开index.css文件查看文本文件
less index.txt
查看index.txt文件
使用less打开后命令
g
返回头部
G
返回底部
/chaimol
搜索chaimol
n
搜索后的操作。小写的n向上搜索
N
大写的N,向下搜索。
(键盘按键)pageUp 上一页
(键盘按键)PageDown 下一页
q
退出
Linux的日期是以1970年1月1日为1,开始计算天数的。例如3,表示1970年1月3日。
目录系统(Linux系统文件名区分大小写)
1.home目录
root用户的目录是/root
普通用户的目录是/home/用户名
2.bin目录
常用的可执行文件
/bin、/usr/bin、/sbin等
3.外部设备mountpoint
/media、/mnt
当检测到设备时会自动挂载
4./etc,系统配置文件
5./tmp,临时文件
6./boot 系统内核和开机必要文件
7./dev 系统所有的设备文件
8./usr
unix system resource(系统文件)
保存程序的相关文件
9./lost+found
每个分区都会自动创建
10./var、/srv(保存数据库数据等,会自动增大)
11./proc
12./lib、/usr/lib、(可复用的库)
更改文件的权限
r 读
w 写
x 执行
更改文件的权限的方式
使用ls -l查看目录文件的详细列表包括使用权限日期内容等。
例如:下面的
drwxrwxr-x 3 root root 4096 05-31 17:25 perm
前面的d是目录文件,依次是U(拥有者)G(用户组)O(其他)的权限。
这里是d(目录)rwx(拥有者——拥有读写执行权限)rwx(用户组——拥有读写执行权限) r-x(其他——拥有读执行的权限)
- 使用字符表示法
chmod [-R] UGO+rwx perm
//将perm目录(如果添加了—R,则更改权限包括目录下所有文件)权限更改为全部具有读写执行操作。 - 使用数字模式
r 4
w 2
x 1
没有权限是0
chmod 777 perm
//将perm目录权限更改为全部具有读写操作。 - 使用可视化界面改变
压缩打包
压缩工具
Linux支持的压缩格式
- *.Z ,compress程序压缩文件
- *.gz ,gzip程序压缩文件
- *.bz2 ,bzip2程序压缩文件
- *.tar ,tar程序打包文件,并未压缩
- *.tar.gz ,tar打包的档案,使用gzip压缩
- *.tar.bz2 ,tar打包的文件,使用bzip2压缩
gzip压缩工具
gzip perm
压缩perm
gzip -c perm >perm.gz
压缩perm,同时保留原文件。
gzip -cv perm.gz
显示perm.gz的压缩比
gzip -c perm
压缩文件perm
gzip -d perm.gz
解压缩perm.gz文件
-
gzip [-cdtv#]文件名称
1)扩展名为 *.gz
\2) -c:将压缩的数据输出到屏幕上
3)-d:解压缩的参数
4)-t:进行文件的一致性校验看是否损坏
5)-v:显示和原文件相比的压缩比
6)-#:压缩等级,-1最快,-9最慢,默认是-6 -
bzip2 [-cdkzv#] 文件名称
1)扩展名为*.bz2
2)-c:将压缩的数据输出到屏幕上
3)-d:解压缩的参数,该参数代表执行解压缩操作
4)-k:保留原文件并不删除原始文件
5)-z:压缩的参数,该参数代表是执行压缩操作
6)-v:显示和原文件对比的压缩比
7)-#:压缩等级,-1最快,-9最慢,默认是-6
Linux文件打包指令
-
tar [-jcv] –f finaname.tar.bz2
待压缩的档案或者目录名
将某个文件或者目录打包并使用bzip2压缩成一个文件 - tar [-jxv] –f filename.tar.bz2 –C 解压缩的目录
将压缩文件解压缩至特定的目录 - 参数解释
1)-c:建立打包档案
2)-t:查看打包的文件都有哪些文件名
3)-x:解压缩或者解打包文件,和-C搭配使用解压缩至特定目录
4)-j:通过bz2支持进行压缩或者解压缩
5)-z:使用gzip进行压缩或者解压缩
6)-v:将正在处理的文件名显示出来
7)-f:紧跟要被处理的文件名,建议单独写一个选项
4.使用zip压缩打包
zip -f filename.zip 文件夹名
//使用zip压缩
vi编辑器(记事本)
vim编辑器(编写代码使用,全面兼容vi的指令)
vi常用的命令
vi perm 打开文件perm,如果不存在,则会在保存时,新建并保存该文件。
vi的三种模式
1)命令模式,可以移动光标,修改、删除、复制、搜索
2)插入模式,通过a或者i或者o进入,可以修改文件内容
3)扩展模式,在insert,模式下先按下Esc键(左上角),再按冒号: 通过:进入,退出、保存、查找替换
4.命令行下删除更改复制
Change Delete Yank(copy)
Line cc dd yy
Letter cl dl yl
Word cw dw yw
5、撤销操作
1)u,撤销最近一次的修改,undo
2)ctrl-r,取消最后一次的撤销,redo
3)U,撤销所有修改
6、查找操作
1)/text
,向后搜索
2)?text
,向前搜索
3)n,(按下n键)搜索下一个同样的内容
4)N (按下n键和shift键) 搜索上一个同样的内容
7、粘贴操作
1)用p粘贴复制、修改或者删除的数据
2)对于行,p粘贴在行上,P粘贴在行下
3)对于字符,p粘贴在字符右侧,P粘贴在字符左侧
8、命令模式下的一些技巧
1)dtc,删除从光标到c之间的所有字符
2)rc,将光标下的字符替换为c
3)dw删除游标处所在的字符
4)5dd,删除5行数据
5)5yy,复制5行数据
6)5x,删除5个字符
7)R,进入替换状态,esc退出
9、保存、退出,进入扩展模式
1):w,保存
2):q,退出
3):wq,保存并退出
4):w!,强制保存
5):q!,强制退出
6):wq!,强制保存退出
vi编辑器的进阶使用
1、文件内定位
1)G,跳转到文件最后一行
2)1G,跳转到文件的第一行
3)ctrl+d,往下滚动半屏
4)ctrl+u,往上滚动半屏
2、屏幕定位相关
1)H,跳转到本屏显示的第一行
2)M,调转到本屏显示的中间一行
3)L,跳转到本屏显示的最后一行
4)z+Enter,使当前的行成为屏幕显示的第一行
5)z-,使当前行成为屏幕的最后一行
3、查找并批量替换
1)通过sed来查找
2)默认对当前行进行查找
3)1,10,对1-10行进行查找
4)1, w file,将整个文件写入一个新的file
4)1,20 w>>file,将1-20行数据追加到file中
5):n,跳到下一个文件
6):rew,回到第一个文件
5、查找并批量替换
1)通过sed来查找
2)默认对当前行进行查找
3)1,10,对1-10行进行查找
4)1, w file,将整个文件写入一个新的file
4)1,20 w>>file,将1-20行数据追加到file中
7、设置
1):set,显示常用的配置选项
2):set all,显示所有的配置选项
3):set number,设置行号
下载文件
wget https://www.baidu.download.min.css
//从指定网址下载文件
wget https://www.baidu.download.min.css
--no-check-certificate
//当遇到ssl错误时,后面添加该命令。可解决无法下载的问题。
cal >pem2
//cal是输出日历命令,后面的大于号(重定向),是把屏幕的输出保存到perm2里。如果perm2不存在,则新建并保存输出的数据。注意:执行此操作会替换文件里原有的内容。
cal >>pem2
//这里的两个大于号(重定向),是追加到pem2,并保存。
mkdir test&&cd test&&touch baidu.txt
//这里连接几个命令用的是&&,只有在前一个命令正确执行后,后一个才会继续执行。
bash1||bash2
//这里的|| 表示,只有前一个命令执行错误时,才会执行后一个命令。
管道命令
管道符是|
cat perm |wc -l
//统计perm里有几行内容
cat perm |wc -w
//统计perm里总共有几个词
cat perm |wc -m
//统计perm里字符数
更改环境变量
vim ~/./.bashrc
在其后面增加内容后,执行source ~/./.bashrc
vim /etc/profile
在其后面增加内容后,执行source /etc/profile
export
查询环境变量
echo $PATH
单独查看PATH环境变量
shell脚本使用
新建名为test.sh的shell脚本文件
内容如下
!/bin/bash //使用bash解析器
echo "hello world!"
//屏幕输出hello world
chmod +x test.sh
//使脚本具有执行权限
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