ggtree绘制带有图像轮廓的系统发育树

本节来介绍如何使用ggtree绘制动物之间的系统发育树并添加动物轮廓。图形的绘制过程比较简单，主要是数据的整理。

加载R包

library(rotl)
library(ggtree)  
library(tidyverse)
library(ggimage) 
library(extrafont)

构建分类信息

taxa <- tnrs_match_names(names = c("Ornithorhynchus anatinus", 
 "Tachyglossus aculeatus", "Phascolarctos cinereus",  
"Macropus giganteus", "Ailuropoda melanoleuca",  
"Carcharodon carcharias", "Megaptera novaeangliae", 
 "Eudyptula minor",  "Tiliqua scincoides", "Notechis scutatus",  
"Dromaius novaehollandiae", "Dacelo novaeguineae", 
"Myrmecia gulosa",  "Musca domestica"))

绘制分类系统发育树

tree_data <- tol_induced_subtree(ott_ids = ott_id(taxa))

导入动物轮廓数据

phylopic_info <- read_tsv("phylopic.xls")

绘制系统发育树

ggtree(tree_data) %<+% phylopic_info +
  geom_tiplab(aes(image=phylopic),geom="phylopic", alpha=.5, color='#3CB2EC', offset=.1) +
  geom_tiplab(aes(label=common_name),offset = .75, col="black") + 
  xlim(NA,10) +
  theme(plot.caption=element_text(size=10, face='italic'))

好了本节介绍到此结束，非常简单的一个案例喜欢的观众老爷欢迎分享转发,更多精彩案例欢迎关注我的公粽号R语言数据分析指南