2019-07-23 短柄草的smartpca之安装EIGEN

安装EIGENSOFT

工具官网：https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/software/， 也可以通过conda下载比较简便。

wget https://github.com/DReichLab/EIG/archive/v7.2.1.tar.gz

tar -xzvf v7.2.1.tar.gz

cd src/

make

make install

但是我在make时报错：

报错信息

因此需要安装依赖包，否则安装不成功：

首先需要安装gfortran编译器：

sudo yum install gcc-gfortran

然后下载blas, cblas, lapack 源代码， 这些源码都可以在 http://www.netlib.org 上找到，下载并解压。

地址：http://www.netlib.org/blas/blas.tgz http://www.netlib.org/blas/blast-forum/cblas.tgz http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz

1）编译blas

进入BLAS文件夹，执行以下几条命令

gfortran -c  -O3 *.f  # 编译所有的 .f 文件，生成 .o文件

ar rv libblas.a *.o  # 链接所有的 .o文件，生成 .a 文件

sudo cp libblas.a /usr/local/lib  # 将库文件复制到系统库目录

2)编译cblas

 进入CBLAS文件夹，首先根据你自己的计算机平台，将目录下某个 Makefile.XXX 复制为 Makefile.in , XXX表示计算机的平台。比如：如果是Linux，那么就将Makefile.LINUX 复制为 Makefile.in，然后执行以下命令

cp ../BLAS-3.8.0/libblas.a  testing  # 将上一步编译成功的 libblas.a 复制到 CBLAS目录下的testing子目录

make # 编译所有的目录

sudo cp lib/cblas_LINUX.a /usr/local/lib/libcblas.a # 将库文件复制到系统库目录下

3）编译 lapack以及lapacke

进入lapack-3.4.2文件夹，然后根据平台的特点，将INSTALL目录下对应的make.inc.XXX 复制一份到 lapack-3.4.2目录下，并命名为make.inc, 这里我复制的是 INSTALL/make.inc.gfortran，因为我这里用的是gfortran编译器。

修改lapack-3.4.2/Makefile, 因为lapack以来于blas库，所以需要做如下修改：

#lib: lapacklib tmglib

lib: blaslib variants lapacklig tmglib

make # 编译所有的lapack文件

cd lapacke # 进入lapacke 文件夹，这个文件夹包含lapack的C语言接口文件

make # 编译lapacke

cp include/*.h /usr/local/include #将lapacke的头文件复制到系统头文件目录

cd .. #返回到 lapack-3.4.2 目录

cp include/*.h /usr/local/include # 将生成的所有库文件复制到系统库目录

这里的头文件包括： lapacke.h, lapacke_config.h, lapacke_mangling.h, lapacke_mangling_with_flags.h lapacke_utils.h

生成的库文件包括：liblapack.a, liblapacke.a, librefblas.a, libtmglib.a

至此cblas和lapack就成功安装到你的电脑上了，然后便可以按照上述步骤安装EIGENSOFT。

 参考链接

To install this package with conda：

conda install -c bioconda eigensoft 

conda install -c bioconda/label/cf201901 eigensoft   #任选择一个即可